La compréhension des mécanismes à l'origine de la diversification passe par la connaissance des relations entre les lignées et de leur histoire évolutive (phylogénies, scenarii biogéographiques, radiations adaptatives). Les approches phylogénétiques visant à identifier les unités biologiques, établir les liens entre les espèces et leur degré de divergence sont développées sur plusieurs modèles biologiques animaux et végétaux. Outre la compréhension des mécanismes évolutifs, ces approches permettent de réactualiser la connaissance taxonomique et la systématique des groupes analysés.



La reconstruction de l'histoire des espèces visant à comprendre l'origine de la biodiversité des faunes afro-tropicales est appréhendée chez différentes lignées indépendantes de mammifères afro-tropicaux. Des approches phylogénétiques sont réalisées pour examiner les relations hôtes-parasites chez les acariens Spinturnicidae (mesostigmates) parasites exclusifs et spécifiques de chauves-souris.
Une part importante de nos travaux concerne l'impact de l'hybridation et de la polyploïdie sur la biodiversité. L'évolution réticulée (résultant de l'hybridation interspécifique) est un processus évolutif répandu chez les plantes où il représente une source importante de diversité via l'introgression ou la spéciation. La duplication des génomes hybrides (par allopolyploïdie) restaure la fertilité et joue un rôle central dans le succès évolutif des espèces ainsi formées qui se montrent souvent envahissantes. Le choc génomique résultant de la réunion de deux génomes divergents au sein d'un même noyau (suite à l'hybridation), et la dynamique affectant ultérieurement les génomes allopolyploïdes retiennent de plus en plus l'attention de la communauté scientifique internationale (http://www.polyploidy.org). Dans ce contexte, nous utilisons le système Spartina (Poacées) comme modèle permettant d'explorer les conséquences génomiques de l'hybridation et de la polyploïdie dans les populations naturelles, dans un contexte historique et phylogénétique bien établi. Nos travaux visent également la compréhension de l'histoire évolutive de différents autres systèmes d'âge différent (Ulex, Lupinus, Bromus, Hordeum) dans lesquels nous examinons la dynamique des gènes et des génomes. La reconstruction de l'histoire des organismes polyploïdes à partir de phylogénies de gènes n'est pas triviale et nécessite l'identification des copies homéologues dupliquées. La dynamique évolutive des gènes dupliqués (rétention ou perte des copies, relâche des contraintes sélectives sur les zones codantes, hétérogénéité des taux de substitutions nucléotidiques, etc…) sont autant de paramètres importants à prendre en compte pour appréhender la nature des forces évolutives ayant façonné les génomes des espèces actuelles. Les variations de la taille des génomes en relation avec la dynamique des éléments transposables et leur impact sur la spéciation et l'adaptation sont également analysées sur différents systèmes végétaux.