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Articles

1 - 
A. Cavé-Radet, D. Giraud, O. Lima, A. El Amrani, M. Ainouche, A. Salmon - 
Evolution of small RNA expression following hybridization and allopolyploidization insights from Spartina species (Poaceae, Chloridoideae) - 
Plant Molecular Biology, Springer Verlag (Germany), 2020, 102 (1-2), pp.55-72.  - 
DOI : https://doi.org/10.1007/s11103-019-00931-w - 
Pubmed : 31748889 - 
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2 - 
S. Garcia, J. F. Wendel, N. Borowska-Zuchowska, M. Ainouche, A. Kuderova, A. Kovarik - 
The Utility of Graph Clustering of 5S Ribosomal DNA Homoeologs in Plant Allopolyploids, Homoploid Hybrids, and Cryptic Introgressants - 
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, pp.41.  - 
DOI : https://doi.org/10.3389/fpls.2020.00041 - 
Pubmed : 32117380 - 
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3 - 
A. Bortolus, P. Adam, J. Adams, M. Ainouche, D. Ayres, M. Bertness, T. Bouma, J. Bruno, I. Caçador, J. Carlton, J. Castillo, C. Costa, A. Davy, L. Deegan, B. Duarte, E. Figueroa, J. Gerwein, A. Gray, E. Grosholz, S. Hacker, A. R. Hughes, E. Mateos‐naranjo, I. Mendelssohn, J. Morris, A. Muñoz‐rodríguez, F. Nieva, L. Levin, B. Li, W. Liu, S. Pennings, A. Pickart, S. Redondo‐gómez, D. Richardson, A. Salmon, E. Schwindt, B. Silliman, E. Sotka, C. Stace, M. Sytsma, S. Temmerman, R. E. Turner, I. Valiela, M. Weinstein, J. Weis - 
Supporting Spartina : Interdisciplinary perspective shows Spartina as a distinct solid genus - 
Ecology, Ecological Society of America, 2019, 100 (11), pp.e02863.  - 
DOI : https://doi.org/10.1002/ecy.2863 - 
Pubmed : 31398280 - 
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4 - 
A. Cavé-Radet, A. Salmon, O. Lima, M. Ainouche, A. El Amrani - 
Increased tolerance to organic xenobiotics following recent allopolyploidy in Spartina (Poaceae) - 
Plant Science, Elsevier, 2019, 280, pp.143-154.  - 
DOI : https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2018.11.005 - 
Pubmed : 30823992 - 
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5 - 
B. Gallego-Tévar, B. Grewell, H. Rousseau, J. Keller, A. Aïnouche, O. Lima, S. Dréano, A. Salmon, E. Figueroa, M. Ainouche, J. M. Castillo - 
Genetic structure of Spartina hybrids between native Spartina maritima and invasive Spartina densiflora in Southwest Europe - 
Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, Elsevier, 2019, 37, pp.26-38.  - 
DOI : https://doi.org/10.1016/j.ppees.2019.02.001 - 
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6 - 
M. Alvarez, J. Ferreira de Carvalho, A. Salmon, M. L. Ainouche, A. Cavé-Radet, A. El Amrani, T. E. Foster, S. Moyer, C. L. Richards, M. Ainouche - 
Transcriptome response of the foundation plant Spartina alterniflora to the Deepwater Horizon oil spill - 
Molecular Ecology, Wiley, 2018, 27 (14), pp.2986-3000. ⟨hal-01811051v2⟩ - 
DOI : https://doi.org/10.1111/mec.14736 - 
Pubmed : 29862597 - 
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7 - 
J. Castillo, S. Dréano, J. Castillo, B. Gallego-Tévar, E. Figueroa, B. Grewell, D. Vallet, H. Rousseau, J. Keller, O. Lima, S. Dréano, A. Salmon, M. Ainouche - 
Low genetic diversity contrasts with high phenotypic variability in heptaploid Spartina densiflora populations invading the Pacific coast of North America - 
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2018, 8 (10), pp.4992-5007.  - 
DOI : https://doi.org/10.1002/ece3.4063 - 
Pubmed : 29876076 - 
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8 - 
J. F. de Carvalho, J. Boutte, P. Bourdaud, H. Chelaifa, K. Ainouche, A. Salmon, M. Ainouche - 
Gene expression variation in natural populations of hexaploid and allododecaploid Spartina species (Poaceae) - 
Plant Systematics and Evolution, Springer Verlag (Germany), 2017, 303 (8), pp.1061-1079.  - 
DOI : https://doi.org/10.1007/s00606-017-1446-3 - 
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9 - 
M. Ainouche, A. Gray - 
Invasive Spartina: lessons and challenges - 
Biological Invasions, Springer Verlag, 2016, 18 (8), pp.2119-2122.  - 
DOI : https://doi.org/10.1007/s10530-016-1201-7 - 
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10 - 
J. Boutte, B. Aliaga, O. Lima, Julie Ferreira De Carvalho, A. Aïnouche, J. Macas, M. Rousseau-Gueutin, O. Coriton, M. Ainouche, A. Salmon - 
Haplotype Detection from Next-Generation Sequencing in High-Ploidy-Level Species: 45S rDNA Gene Copies in the Hexaploid Spartina maritima - 
G3, Genetics Society of America, 2016, 6 (1), pp.29--40.  - 
DOI : https://doi.org/10.1534/g3.115.023242 - 
Pubmed : 26530424 - 
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11 - 
J. Boutte, J. Ferreira de Carvalho, M. Rousseau-Gueutin, J. Poulain, C. da Silva, P. Wincker, M. Ainouche, A. Salmon - 
Reference Transcriptomes and Detection of Duplicated Copies in Hexaploid and Allododecaploid Spartina Species (Poaceae) - 
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2016, 8 (9), pp.3030-3044.  - 
DOI : https://doi.org/10.1093/gbe/evw209 - 
Pubmed : 27614235 - 
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Communications

12 - 
M. Ainouche, M. Rousseau-Gueutin, H. Rousseau, J. Boutte, S. Bellot, Julie Ferreira De Carvalho, A. Salmon - 
Polyploidy, genome evolution and functional novelty in genus SpartinaI (Poaceae) - 
International Conference « Evolution of Plant Phenotypes: from genomes to traits », Mar 2015, Barcelone, Spain.  - 
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13 - 
J. Boutte, M. Ainouche, A. Salmon - 
Tracking duplicate copies in highly-redundant Spartina genomes - 
First workshop on Plant Genome Dynamics and Evolution, May 2015, Toulouse, France.  - 
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14 - 
J. Keller, M. Rousseau-Gueutin, G. E. Martin, F. Cabello-Hurtado, J. Morice, J. Boutte, E. Coissac, M. Ainouche, A. Salmon, A. Aïnouche - 
Comparative analysis of five chloroplast genomes in the legume genus Lupinus - 
First workshop on Plant Genome Dynamics and Evolution, May 2015, Toulouse, France.  - 
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15 - 
A. Salmon, J. Boutte, Julie Ferreira De Carvalho, M. Rousseau-Gueutin, M. Ainouche - 
The challenges of genomics in polyploidy Spartina species: How to deal with hybrid genomes and high redundancy? - 
PAG XXIII Plant and Animal Genome Conference, Jan 2015, San Diego, United States.  - 
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16 - 
M. Ainouche, A. Salmon, M. Rousseau-Gueutin, J. Boutte, H. Rousseau, Julie Ferreira De Carvalho, S. Bellot, H. Chelaifa, P. Fortune, A. Baumel, A. Aïnouche, M.-T. Misset - 
Hybridation, polyploidie et evolution des génomes : le cas des spartines envahissant les marais salés - 
Colloque de lancement du Groupement de Recherches CNRS « Invasions Biologiques », UMR CNRS 6553 ECOBIO, Oct 2014, Rennes, France.  - 
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17 - 
M. Ainouche, Julie Ferreira De Carvalho, J. Boutte, S. Bellot, M. Rousseau-Gueutin, A. Aïnouche, C. Charron, A. Dhont, A. Leitch, A. Kovarik, A. Salmon - 
Recurrent polyploidy in the salt marsh genus Spartina: Lessons and challenges - 
PAG XXII Plant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, United States.  - 
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18 - 
M. Alvarez, A. Salmon, Julie Ferreira De Carvalho, M. Ainouche, C. L. Richards - 
Transcriptomic response to hydrocarbon stress in Spartina alterniflora - 
International Conference on Invasive Spartina 2014, UMR CNRS 6553 ECOBIO, Jul 2014, Rennes, France.  - 
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19 - 
C. Charron, M. Rousseau-Gueutin, Julie Ferreira De Carvalho, H. Chelaifa, J. Boutte, G. Droc, J. Fourment, A. Bellec, H. Berges, J. Poulain, A. Couloux, S. Mangenot, P. Wincker, A. Salmon, A. Dhont, M. Ainouche - 
Bac sequencing analyses in the hexaploid Spartina maritime (Poaceae): Homoeolog divergence and microsynteny in the grass family - 
Réunion du groupe « Cytogénétique et Polyploïdie », May 2014, Clermont-Ferrand, France.  - 
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20 - 
A. Salmon, J. Boutte, Julie Ferreira De Carvalho, M. Rousseau-Gueutin, M. Ainouche - 
The challenges of genomics in polyploid Spartina species: How to deal with hydrid genomes and high redundancy? - 
International Conference on Invasive Spartina 2014, Jul 2014, Rennes, France.  - 
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