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Les micro-organismes name (bactéries, archées, eucaryotes unicellulaires, virus) constituent la majorité de la biosphère. Dans tous les environnements, ils interagissent pour former des réseaux complexes au sein desquels s’échangent matière et énergie. Comprendre le fonctionnement des écosystèmes nécessite par conséquent d’identifier ces micro-organismes présents ou leurs fonctions et de caractériser les réseaux d’interactions qu’ils constituent et les propriétés qui émergent de ces réseaux. En retour, la dynamique environnementale constitue une contrainte majeure pour les micro-organismes qui doivent en permanence s'adapter aux changements de leurs habitats. Cette dynamique intrinsèque, propre à chaque écosystème, est aujourd'hui amplifiée par les activités humaines génératrices de perturbations de toutes sortes.

L’équipe DYNamique environnementale et Micro-Organismes (DYNAMO) a pour ambition de développer de nouvelles approches intégratives pour décrire l'organisation et comprendre le fonctionnement des écosystèmes en considérant le pluralisme des causes et des effets. L’objectif à terme est d’intégrer pleinement les propriétés fonctionnelles et évolutive des communautés microbiennes dans la dynamique globale des écosystèmes. Pour cela, l’équipe DYNAMO regroupe des personnes spécialisées en biogéochimie, écologie, génomique environnementale, microbiologie et en modélisation. Les travaux développés dans l’équipe portent à la fois sur les communautés microbiennes et phytoplanctonique dans les sols, les eaux de surface et les aquifères avec des approches multiples : in natura, expérimentales au laboratoire (microfluidique, chémostats, batchs…) et in silico (modélisation métabolique, dynamique de populations).

Les objectifs de nos travaux de recherches sont les suivants :

. Déterminer l’impact des interactions biotiques (compétition, symbioses, metabolic handoffs, prédations virales) dans les flux biogéochimiques.
 .Quantifier le rôle des processus physiques (hydrodynamique) dans la structuration des communautés de microorganismes et leurs activités biologiques
. Identifier les mécanismes et la vitesse d’adaptation des communautés microbiennes et phytoplanctoniques aux changements environnementaux.
. Obtenir de nouvelles méthodes d’imagerie de la réactivité biogéochimique des écosystèmes grâce à l’analyse des communautés microbiennes.
. Caractériser le fonctionnement biogéochimique des zones d’interfaces (eau/air, eau/sol, eau/eau) en intégrant la structure physique (connectivité, flux), l’historique des systèmes et la composition taxonomique et fonctionnelle des communautés.
. Produire de nouveaux modèles prédictifs du fonctionnement des écosystèmes intégrant les informations extraites sur les micro-organismes (distribution spatiale et temporelle, activité métabolique, structure des communautés, hétérogénéité intra-populations).


En plus de son rattachement à l’UMR6553 ECOBIO, l’équipe Dynamo constitue une des cinq équipes membres du projet RISCE (Recherches Interdisciplinaires sur les Systèmes Complexes en Environnement) porté par l’OSUR.