Clarysse PICARD est championne de France Espoir de semi-marathon



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A fond pour le demi-fond, étude et sport de haut niveau

Clarysse PICARD, 21 ans, est arrivée à Rennes en septembre 2018 pour entamer un master mention Biodiversité-Ecologie-Evolution parcours ERPUR (Stratégie de développement durable et périurbanisation) à l’université de Rennes 1, après une licence Biologie des Organismes obtenue à l’ICES (Institut catholique de Vendée, à la Roche sur Yon). Le master ERPUR est son premier choix d’orientation : elle souhaitait venir à Rennes pour ses enseignements axés sur le développement durable, la sociologie et la démographie, la communication relationnelle, bref, un mix entre les sciences du vivant et les SHS, aussi entre les enseignements théoriques et les cas concrets et leurs applications sociétales.

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Soutenance de thèse d'Armand CAVE-RADET



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Le mercredi 19 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 19 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Évolution de la tolérance aux Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAPs) chez les spartines polyploïdes : Analyses physiologiques et régulations transcriptomiques par les micro-ARNs

Résumé : Cette étude vise à explorer les mécanismes de tolérance des plantes aux xénobiotiques organiques de la famille des HAPs (phénanthrène), à travers l’analyse de l’impact des évènements de spéciation par hybridation et duplication génomique (allopolyploïdie). Nous avons pour cela mené une approche comparative sur un modèle de spéciation allopolyploïde récente, constitué des espèces parentales hexaploïdes S. alterniflora et S. maritima, et de l’allopolyploïde S. anglica qui résulte de la duplication du génome de leur hybride F1 S. x townsendii. Une approche intégrative basée sur des analyses physiologiques et moléculaires nous a permis de montrer que chez Spartina l’hybridation et le doublement du génome augmentent la tolérance aux xénobiotiques. Le parent paternel S. maritima se montre particulièrement sensible au phénanthrène par rapport au parent maternel S. alterniflora. Différentes analyses transcriptomiques ont permis l’identification de novo de transcrits spécifiquement exprimés en condition de stress, et l’annotation des petits ARNs (miARNs, leurs gènes cibles, et siARNs) agissant en tant que régulateurs de l’expression des gènes et la régulation des éléments transposables. Les analyses d’expression différentielle en réponse au stress ont permis de générer un modèle de régulation (miARN/gènes cibles) en réponse aux HAPs, testé par validation fonctionnelle en système hétérologue chez Arabidopsis. Un travail exploratoire de profilage du microbiome de la rhizosphère des spartines exposées au phénanthrène a été réalisé pour préciser les mécanismes de dégradation des xénobiotiques dans l’environnement en vue d’une application dans les stratégies de remédiation verte.

Abstract: We explored mechanisms involved in tolerance to organic xenobiotics belonging to PAHs (phenanthrene), in the context of allopolyploid speciation (hybrid genome duplication). We developed a comparative approach, using a recent allopolyploidization model including the hexaploid parental species S. alterniflora and S. maritima, and the allopolyploid S. anglica, which resulted from genome doubling of the F1 hybrid S. x townsendii. Integrative approach based on physiological and molecular analyses highlights that hybridization and genome doubling enhance tolerance to xenobiotics in Spartina. The paternal parent S. maritima exhibits higher sensitivity compared to the maternal parent S. alterniflora. Various transcriptomic analyses were performed, to identify de novo stress responsive transcripts, and to annotate small RNAs (miRNAs, their target genes, and siRNAs) involved in gene expression and transposable element regulations. Differential expression analyses in response to stress allowed us to develop a putative miRNA regulatory network (miRNA/target genes) in response to PAH, functionally validated in Arabidopsis as heterologous system. An exploratory profiling of Spartina rhizosphere microbiome exposed to phenanthrene was also performed to characterize environmental degradation abilities, in the perspective of optimizing green remediation strategies.

Jury :

Rapporteurs :

  • Jean-Philippe COMBIER DR CNRS, LRSV (Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales) Castanet-Tolosan
  • Cristina VIEIRA-HEDDI Professeur, UCBL (Université Claude Bernard Lyon 1)

Examinateurs :

  • Ivan COUÉE Professeur, Université de Rennes 1
  • Karine ALIX Maitre de conférence (HDR), AgroParisTech

Co-directeurs de thèse :

  • Abdelhak EL AMRANI Maitre de conférence (HDR), Université de Rennes
  • Malika AÏNOUCHE Professeur, Université de Rennes 1 (membre invité)
  • Armel SALMON Maitre de conférence, Université de Rennes 1

Contact : Armand CAVE-RADET


Soutenance de thèse de Kevin HOEFFNER



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Le mardi 18 décembre 2018 à 14h30, dans l'amphithéâtre de la Station Biologique de Paimpont.

Le mardi 18 décembre 2018 à 14h30, dans l'amphithéâtre de la Station Biologique de Paimpont.

Évaluation de la contribution fonctionnelle des espèces lombriciennes anéciques à la décomposition des litières prairiales - Variabilité inter-espèces au sein d'une même catégorie écologique

Résumé : La décomposition des litières est un processus clé du fonctionnement du sol contribuant à de nombreux services écosystémiques. En climat tempéré, les lombriciens en interaction avec les micro-organismes du sol, contribuent significativement à ce processus. Cependant, les connaissances sur les lombriciens ciblent le plus souvent les trois catégories écologiques selon lesquelles ils sont définis : les épigés, les endogés et les anéciques. Les anéciques sont très répandus dans les sols tempérés, constituent la majeur partie de la biomasse lombricienne et interviennent dans la décomposition des litières. Plusieurs études ont observé des traits comportementaux, morphologiques et physiologiques distinguant deux sous-catégories au sein des anéciques : les épi-anéciques et les anéciques stricts. Le premier objectif de ce travail de thèse était de vérifier si cette distinction avait une réalité dans le cadre du processus de décomposition des litières. En conditions contrôlées, nous avons évalué (i) le rôle des principales espèces anéciques dans le processus de décomposition, (ii) l’impact de ces espèces sur les communautés de microorganismes et (iii) les activités enzymatiques des microorganismes du sol et (vi) l’impact des interactions entre espèces anéciques sur le processus de décomposition. A partir d’observations sur le terrain, le second objectif de ce travail de thèse était de définir les règles d’assemblages des communautés lombriciennes en prairie compte-tenu de leurs rôles majeurs dans divers processus du sol. Les résultats obtenus ont confirmé la distinction entre lombriciens épi-anéciques et anéciques stricts : les épi-anéciques étant les seuls à contribuer au processus de décomposition des litières et celui-ci étant corrélé à la biomasse individuelle moyenne de chaque espèce. Cette contribution passe par une plus forte stimulation des activités enzymatiques du sol, indépendamment des espèces considérées. En revanche, contrairement aux bactéries, les communautés fongiques du sol dépendent de l’espèce épi-anécique avec laquelle ils interagissent. Ce travail met également en évidence que l’abondance, la biomasse et la diversité des communautés lombriciennes des sols prairiaux sont régulées par différents filtres environnementaux dont la diversité du paysage. Ainsi, cette thèse fait ressortir que les deux sous-catégories écologiques au sein des anéciques ont des rôles différents sur le processus de décomposition des litières et qu’elles contribuent donc à des services écosystémiques fournis par le sol de manière différenciée.

Mots clés : Microorganismes, activités enzymatiques, communautés, interaction intra- et inter-spécifique, paysage.

Jury :

Alain BRAUMAN, Directeur de Recherche, IRD Montpellier -- Rapporteur
Thibaud DECAENS, Professeur, Université de Montpellier -- Rapporteur
Éric CHAUVET, Directeur de Recherche, Université de Toulouse III -- Examinateur

Pierre-Alain MARON, Directeur de Recherche, INRA Dijon -- Examinateur
Jérôme MATHIEU, Maître de conférences, Université Pierre et Marie Curie -- Examinateur

Guénola PERES, Maître de conférences, INRA/Agro-campus Ouest Rennes -- Examinatrice

Daniel CLUZEAU, Maître de conférences, Université de Rennes 1 -- Co-directeur de thèse
Cécile MONARD, Chargée de Recherche, Université de Rennes 1 -- Co-directrice de thèse

Contact : Kevin HOEFFNER


Soutenance de thèse de Nadège BELOUARD



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Le jeudi 13 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 13 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Coexistence d’espèces dans des habitats discontinus. Le cas d’espèces natives et invasives dans des réseaux de mares

Résumé : La question de la coexistence entre espèces est cruciale dans le contexte des changements globaux, où certaines espèces colonisent de nouveaux écosystèmes, tel le cas des espèces invasives. Dans les habitats discontinus, la coexistence entre espèces invasives et natives gagne à être considérée à la lumière de la théorie des métacommunautés, et en particulier en examinant séparément les processus de dispersion et les interactions locales afin de déterminer leurs effets relatifs. Les approches observationnelles en milieux naturels permettent par ailleurs la prise en compte de la complexité des relations possibles. C’est le travail abordé dans cette thèse à travers l’exemple de l’effet de l’invasion de réseaux de mares par l’écrevisse de Louisiane sur les amphibiens natifs. La densité des larves et la distribution des amphibiens ont montré la coexistence avec l’écrevisse dans les mares. Grâce à la génétique du paysage, la dispersion de l’écrevisse s’est révélée fortement contrainte par le caractère discontinu des habitats, contrairement à celle des amphibiens, bien qu’elle ait été variable parmi les trois espèces étudiées. Les analyses d’isotopes stables ont montré que malgré sa position centrale dans les réseaux trophiques, l’écrevisse n’avait pas de fortes interactions trophiques avec les amphibiens, tout au plus un effet indirect par la modification de l’habitat. Sur la base des mécanismes considérés ici, la coexistence entre les amphibiens natifs et l’écrevisse invasive semble ainsi envisageable. Des suites de ce travail sont initiées à l’échelle des communautés grâce à l’ADN environnemental.

Abstract: The question of species coexistence is crucial in the context of global changes, where some species colonize new ecosystems, such as the case of invasive species. In patchy habitats, the coexistence between invasive and native species gains at being considered in the light of the metacommunity theory, and particularly by examining separately the processes of dispersal and local interactions to determine their relative effects. Besides, observational approaches in natural habitats allow to account for the complexity of the possible relationships. It is the work tackled in this thesis through the example of the effect of the red swamp crayfish on native amphibians in pond networks. The density of larvae and the distribution of native amphibians showed the co-occurrence with the crayfish in ponds. Owing to landscape genetics, the dispersal of crayfish was shown to be highly constrained by the patchy nature of habitats, contrary to that of amphibians, although it was variable among the three species considered. The stable isotope analyses showed that, despite its central position in the food webs name, the crayfish did not have strong trophic interactions with amphibians, all the more an indirect effect through habitat modification. On the basis of the mechanisms considered here, the coexistence between native amphibians and the invasive crayfish seem possible. Perspectives from this work are envisaged at the community scale using environmental DNA.

Contact : Nadège BELOUARD


Soutenance de thèse d'Edwige DEMANGEAT



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Le lundi 10 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le lundi 10 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Devenir des nanoparticules de fer dans l'environnement. Stabilité colloïdale, réactivité chimique et impacts sur le végétal

Résumé : Les nanoparticules de fer manufacturées (NPs-Fe) sont des matériaux de taille nanométrique dont l’utilisation s’est, depuis peu, étendue à des domaines environnementaux. Leur dispersion dans les milieux aqueux et solides, et leurs interactions avec le vivant soulèvent toutefois encore de nombreuses questions. Dans la première partie de cette étude, nous conduisons un travail approfondi de caractérisation des NPs-Fe et précisons comment ces propriétés sont impliquées dans les processus contrôlant la stabilité colloïdale puis la réactivité chimique (capacité d’adsorption du cuivre) des NPs-Fe en solution aqueuse. Des modifications à la fois surfaciques et cristallochimiques sont appliquées afin de mettre en évidence le rôle clés de la chimie de surface des NPs-Fe. Dans cette étude, il est montré que les acides humiques limitent l’agrégation des NPs-Fe et procurent des sites d’adsorption pour les métaux. Les conditions physico-chimiques du milieu s’avèrent également jouer un rôle crucial. Le pH modifie la charge de surface des NPs-Fe et les forces d’attraction/répulsion qui en résultent. Dans la dernière partie de cette étude, nous étudions les interactions entre les NPs-Fe et les végétaux, en solution puis dans un sol. Après 63 et 57 jours, les mesures de susceptibilité magnétique montrent que les NPs-Fe s’accumulent au niveau des racines avant d’être transloquées, en moindre quantité, dans les parties aériennes des plantes. La réponse des plantes à l’exposition aux NPs-Fe se traduit par une augmentation de la biomasse végétale et des teneurs en chlorophylles et une diminution de la peroxydation lipidique.

Mots clés : nanoparticules de fer, oxydation, agrégation, adsorption, métaux, plantes

Jury :

François CHABAUX (rapporteur) - Professeur à l'Université de Strasbourg, LHYGES Strasbourg;

Oleg POKROVSKY (rapporteur) - Directeur de recherche CNRS, GET Toulouse;

Laurence DENAIX (examinatrice) - Directrice de recherche INRA, ISPA Bordeaux;

Francisco CABELLO-HURTADO (co-directeur) - Maître de conférence (HDR), ECOBIO, Université de Rennes1;

Aline DIA (co-directeur) - Directrice de recherche, Géosciences Rennes, Université de Rennes1;

Mathieu PEDROT (co-directeur) - Maître de conférence (HDR), Géosciences Rennes, Université de Rennes1

Contact : Edwige DEMANGEAT