Appel à candidature pour une thèse CIFRE


 Olivier Troccaz    17/04/2019 : 11:32
 Aucun    Agenda

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Title: Post metagenomics and post metatranscriptomics microbiota analyses using cellenONE® technology

Title: Post metagenomics and post metatranscriptomics microbiota analyses using cellenONE® technology

Aims: Development of single cell approach to analyse microbiota using a breakthrough technology. Single cell transcriptomics and single cell genomics pipelines (both data production and data analyses) will be developed to address hypotheses related to the microbiota assembly.

Skills and knowledges : Ecology, molecular ecology, advanced statistics, knowledge of bioinformatics pipelines, R

Supervisors : Cécile Monard and Philippe Vandenkoornhuyse

Applications (CV and letter of motivation) before May 5th to @


Séminaires de Simon CHOLLET et Hervé COLINET



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Le vendredi 5 avril 2019 à partir de 13h00, salle de de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 5 avril 2019 à partir de 13h00, salle de de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Les grands herbivores contrôlent la décomposition des litières : leçons des forêts primaires canadiennes

Résumé : Je présenterai les résultats d’une expérience réalisée sur l’archipel d’Haida Gwaii (Colombie-Britannique) qui vise à déterminer l’importance et les mécanismes par lesquels les grands herbivores peuvent contrôler la décomposition des litières. Nous avons ainsi pu mettre en évidence le très important contrôle top-down exercé par les cervidés sur la décomposition et donc les conséquences sur les cycles du carbone et de l’azote.

Contact : Simon CHOLLET

Projet "Fly Gut Microbiota Assay"

Résumé : Un « hot topic » de la biologie moderne est la compréhension de la façon dont le microbiote influence son hôte. L'acquisition de nouvelles connaissances dans ce domaine nécessite l’accès aux informations taxonomiques, mais aussi et surtout, aux informations quantitatives. En effet, des modifications d’abondance des taxons bactériens dominants pourraient causer des altérations phénotypiques majeures de l’hôte, sans que cela ne se traduise par des changements en termes de diversité. Les techniques NGS actuelles ne permettent pas de capturer ces informations quantitatives. Le but du projet "Fly Gut Microbiota Assay", mené en collaboration avec GEH, est de mettre au point une méthode de quantification des bactéries principales du microbiote intestinal de la drosophile, afin de vérifier si l’abondance des bactéries varie en fonction de différentes conditions. La prévalence des bactéries intestinales sera analysée en qPCR au moyen d’amorces spécifiques des gènes ARNr 16S. Pour cela, nous utiliserons la capacité haut débit des puces Smartchip (Wafergen). Un état d'avancement du projet sera présenté.

Contact : Hervé COLINET


Séminaire d'Eric PETIT (INRA ESE)



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Le vendredi 29 mars 2019 à 14h00, salle de de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 29 mars 2019 à 14h00, salle de de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Taux de croissance et traits démographiques en limite d'aire de distribution chez une espèce longévive favorisée par le réchauffement climatique

Résumé : Bien que le taux de croissance joue un rôle décisif dans la dynamique d'expansion des espèces, il est rarement estimé dans les études empiriques, souvent centrées sur des traits d'histoire de vie ou des traits démographiques particuliers. Le Petit rhinolophe est une espèce de chauve-souris dont la dynamique spatiale est marquée, d'une part, par une forte régression récente, et d'autre part, par des possibilités d'expansion liée au réchauffement climatique. A partir d'une méthode originale d'estimation des survies adulte et juvénile et de la fécondité basée sur un échantillonnage génétique non invasif, nous avons déterminé les taux de croissance intrinsèque de 35 colonies situées dans deux populations situées en limite nord de l'aire de distribution actuelle de l'espèce.

Les colonies situées dans une population actuellement en expansion spatiale montrent des taux nets de reproduction et des taux de croissance supérieurs à ce qui est observé dans les colonies de la population qui ne connait pas d'expansion spatiale, différence qui est essentiellement liée à une différence de survie juvénile chez cette espèce à la fécondité limitée. Le taux de croissance supérieur observé dans la population en expansion n'est pas associé à un compromis entre survie et reproduction, ce qui suggère qu'il est lié à un accès à des ressources moins limitées plutôt qu'à une allocation différentielle de ces ressources.

Contact : Eric PETIT


Séminaire de Marine LEVE (Université Paris-Sud)



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Le vendredi 22 mars 2019 à 13h00, salle de de réunion SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 22 mars 2019 à 13h00, salle de de réunion SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Les jardins domestiques, socio-écosystèmes intégrés dans le paysage urbain

Résumé : Les jardins domestiques forment une proportion non négligeable du tissu urbain, estimée entre 8 % et 27 % selon les villes : cette surface pourrait participer aux dynamiques liées à la biodiversité en ville. Les jardins sont cependant peu étudiés, notamment du fait de la difficulté d’y accéder ou d’y réaliser des relevés fréquents.

Je me suis intéressée dans mon travail de thèse aux insectes pollinisateurs et aux habitant·e·s (humain·e·s) de ces jardins. Je vous propose aujourd’hui de présenter comment les jardins domestiques peuvent participer au maintien d’une diversité élevée d’insectes pollinisateurs dans le contexte urbain et péri-urbain, en Île-de-France. En mobilisant les données du programme de sciences participation Spipoll, j’ai relié la diversité en morpho-espèces à l’occupation du sol voisine du point de relevé : surfaces imperméables et surfaces de jardins domestiques ont été prises en compte à plusieurs échelles spatiales, de 50m à 1km autour du point de relevé. Il apparaît que, à l’échelle d’un quartier, 10 à 20 jardins peuvent constituer une différence significative pour la diversité en insectes.

Je me suis aussi intéressée aux ressources florales présentes dans les jardins pour les insectes et au contexte sociétal dans lequel s’insèrent aujourd’hui les jardins domestiques. J’ai notamment analysé la connaissance de la biodiversité par les Français·e·s et l’insertion des actions de protections des insectes proposées au jardin dans le discours sur la biodiversité. Je présenterai plus rapidement ces points afin de présenter le contexte plus large dans lequel s’est réalisé mon travail.

Contact : Marine LEVE


Séminaire d'Alexandrine PANNARD



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Le vendredi 15 mars 2019 à 13h00, salle de de réunion SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 15 mars 2019 à 13h00, salle de de réunion SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Etudier la dynamique spatio-temporelle du phytoplancton dans les plans d’eau: ça sert à quoi ?

Résumé : Les activités anthropiques ont fortement impacté les flux de matières organiques et de nutriments dans les bassins versants, entraînant de forts développements de phytoplancton dans les plans d’eau, notamment des cyanobactéries toxiques.
Avec sa taille de quelques dizaines de microns seulement, le phytoplancton va modifier les propriétés physiques et chimiques des masses d’eau et contrôler le fonctionnement écologique du plan d’eau. Son fort taux de croissance rend le phytoplancton très réactif vis-à-vis des conditions climatiques. C’est un des groupes les plus diversifiés en espèces et qui paradoxalement ne dépendent que de quelques facteurs environnementaux.
A travers des études en cours, je montrerai comment ce groupe est impliqué dans le fonctionnement écologique des plans d’eau, profonds et peu profonds (< 3m). Les plans d’eau peu profonds sont beaucoup moins étudiés que les 5% de plans d’eau profonds et sont souvent considérés à tort comme spatialement homogènes.
Bien que ces systèmes soient régulièrement mélangés par le vent, de forts gradients thermiques et chimiques peuvent se mettre en place pendant l’été. Cette fragmentation récurrente, qui va s’accentuer avec le changement climatique, devrait impacter le fonctionnement biogéochimique global du système, ses échanges gazeux avec l’atmosphère, ainsi que sa diversité planctonique.

Contact : Alexandrine PANNARD