Team Solar Bretagne par Olivier HELARY, Albane GAFFAJOLI et Nathanaël GILET



2018_01_17_09_11_29_Pale_Moon.png

Le vendredi 19 janvier 2018 à 13h00, salle de l'UFR SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 19 janvier 2018 à 13h00, salle de l'UFR SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Team Solar Bretagne

Notre association, Team Solar Bretagne présidée par Philippe Madec, œuvre en Bretagne pour l’habitat citoyen et écologique de demain depuis 2013. En 2016, nous avons été retenu comme la seule équipe française pour se lancer dans une incroyable aventure : le Solar Decathlon China 2018, pour dire vite : « les jeux olympiques de l’habitat durable ». 22 équipes internationales se réuniront à l’été 2018 pour présenter en Chine à Dezhou, 22 prototypes de maisons durables, solaires et bioclimatiques à plus de deux millions de visiteurs. L'association s’est alors associée avec deux universités de Chine (Xiamen et Shandong) pour dessiner le projet. Construit cet été 2017 en Chine par une équipe d’étudiants Français et Chinois, ce prototype est composé à 90% de matériaux bio-sourcés, issus des filières locales chinoises. Il est le fruit d’un travail pédagogique interdisciplinaire inédit : le regroupement de 7 écoles (5 rennaises et 2 chinoises) autour d’un projet d’architecture, d’ingénierie, de domotique, d’innovation en matériaux, ...

Dans le cadre de ce projet, l'équipe s'est penchée sur un système pour la gestion de l'eau de pluie, autour de quatre principes : recyclage des eaux de pluie, bassins d'ornement, de culture et peut-être même d'aquaponie. J'en résume ici en quelques mots ses principes : la volonté était de réutiliser les conteneurs IBC de l'industrie pour en faire par multiplication, un plan de jeux d'eau pour récupération des eaux de pluies, culture et ornement. Une partie de ces bassins sera remplit de terre et sera donc cultivée, l'autre partie sera quant à elle destinée à recueillir l'eau de pluie. Ces bassins seront de trois types : des bassins d'eau, des bassins de masses filtrantes / plantes et des bassins à poissons. Un cheminement sera créé entre tous et une pompe ramènera l'eau depuis le dernier jusqu'au premier et ainsi faire un circuit fermé.

Contact : http://teamsolarbretagne.fr/fr/accueil/

Seminaire TeamSolar 19012018


Soutenance de thèse de Kevin POTARD



thesard.jpg

Le jeudi 21 décembre 2017 à 14h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 21 décembre 2017 à 14h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Les émissions de Composés Organiques Volatils (COVs) par les sols dans les paysages agricoles. Identification des sources et incidences sur la qualité de l’air

Résumé :
Les composés Organiques Volatils (COVs) sont des gaz carbonés rares, émis en faible  concentration depuis les surfaces continentale et marine vers l’atmosphère.  Très réactifs, ces composés sont impliqués dans la chimie atmosphérique et sont au cœur de nombreuses problématiques environnementales actuelles telles que le changement climatique lié aux gaz à effet de serre, la qualité de l’air et les rétroactions sur le fonctionnement des écosystèmes. Les couverts végétaux terrestres étaient jusqu’alors identifiés comme les sources principales de COVs d’origine biogénique. Mais, de récentes études suggèrent que les sols pourraient constituer des sources majeures de COVs. Or dans les paysages anthropisés agricoles, les sols sont l’objet d’usages et de gestions divers et variés et sont susceptibles de modifier qualitativement et quantitativement les patrons d’émissions de COVs. Paradoxalement, les sols d’agrosystèmes ont fait l’objet de peu d’inventaires de leurs émissions de COVs (par comparaison au NOx et CH4). La rareté des connaissances sur la contribution des sols d’agrosystèmes dans les émissions de COVs a motivé ce travail de thèse dans lequel trois objectifs ont été poursuivis : i) inventorier les spectres et quantifier les flux de COVs émis par les sols dans les paysages agricoles, ii) déterminer le rôle des microorganismes du sol dans les émissions et iii) identifier les déterminants abiotiques régulant les émissions de COVs par les sols. Une première partie du travail a consisté à analyser les dynamiques temporelles d’émissions de COVs sur le terrain, dans  deux sites observatoires représentatifs du paysage agricole Breton : le site EFELE (SOERE-PRO) comprenant des sols cultivés soumis à des pratiques de fertilisation contrastées (4 régimes différents), et la Zone Atelier Armorique (ZAAr) comprenant des prairies permanentes fertilisées et des prairies humides caractérisées par un faible degré d’anthropisation. La deuxième partie du travail a été menée en laboratoire pour expliciter et compléter les observations de terrain, deux séries d’expérimentations en laboratoire ont été réalisées permettant de manipuler, i) la source de carbone organique du sol via l’apport de différentes molécules modèles, ii)  les communautés microbiennes par la transplantation de  communautés microbiennes naturelles dans trois sols distincts.
Cette étude aura permis de générer des avancées techniques et de produire des résultats entièrement novateurs concernant à la fois la caractérisation des spectres et la quantification des flux de COVs biogéniques émis par les sols. Ainsi, nous montrons, en laboratoire et sur le terrain, qu’un sol émet une quarantaine de masses dont seules quelques-unes (1 à 4 masses) sont dominantes. Ces spectres de COVs sont par ailleurs spécifiques des usages des sols (culture vs prairie) et des pratiques de fertilisation. Nous montrons aussi : i) qu’il existe une temporalité des émissions de COVs par les sols allant de 22 à 157 µg de COVs par m2 h-1, la période hivernale étant la moins émissive et que ii) s’ajoute le fait que certaines pratiques de fertilisation, comme l’apport de lisier de porc, induisent un flux de méthanol pouvant atteindre  jusqu’à 10 fois celui  qui est observé par les sols amendés avec du digestat de lisier de porc.
Concernant, le rôle des microorganismes du sol dans la production de COVs, nous démontrons que le spectre de COVs n’est pas représentatif de la diversité phylogénétique de la communauté du sol mais plutôt de l’activité métabolique des microorganismes actifs. S’agissant de l’exploration des déterminants abiotiques susceptibles de réguler les émissions, nos résultats suggèrent que l’ajout de molécules organiques au sol, induit un changement rapide dans le spectre de COVs émis par le sol, allant de quelques heures à quelques jours après apport. Cette modification est dépendante du degré de polymérisation de la molécule apportée. Ainsi l’acétate induit la production de 1-butanol, tandis que c’est principalement la production de 2-butanone qui est stimulée lors de l’apport de cellulose ou de lignine. Pour conclure, l’approche intégrative et interdisciplinaire mise en œuvre dans ce travail de thèse  a permis d’accroitre les connaissances sur les émissions de COVs biogéniques par les sols. L’ensemble des recherches suggère que les émissions de COVs par les sols ne sont pas négligeables. Leur position clé en termes d’enjeux (chimiques, écologiques, agronomiques, sanitaires) requiert de leur porter davantage  intérêt et de les prendre en compte dans les scénarii futurs des changements globaux (climatiques et usages de terres) notamment en regard des pratiques émergentes de gestion des sols en lien avec la transition écologique amorcée en agriculture. De même, La prise en compte des émissions de COVs dans les cycles biogéochimiques du Carbone et celui associé de l’azote pour mieux appréhender le fonctionnement des écosystèmes est également discuté dans ce document.

Jury :
Christophe GUIMBAUD Professeur d’université – LPC2E / rapporteur
Tiphaine CHEVALLIER Chargée de Recherche – IRD / rapporteur
Alexandre TOMAS Professeur d’université – Mines DOUAI / examinateur
Dominique WOLBERT Professeur d’université – ENSCR / examinateur
Laurence GALSOMIES  Ingénieur de recherche - ADEME / examinateur
Françoise BINET Directrice de Recherche - ECOBIO / directrice de thèse
Jean-Luc LE GARREC Maitre de conférence – IPR / co-directeur de thèse
Cécile MONARD Chargée de recherche – ECOBIO / co-directrice de thèse

Contact : Kevin POTARD


Soutenance de thèse d'Alice BAUDOUIN



thesard.jpg

Le jeudi 21 décembre 2017 à 14h30, amphithéâtre de la Station Biologique de Paimpont, UR1

Le jeudi 21 décembre 2017 à 14h30, amphithéâtre de la Station Biologique de Paimpont, UR1

Rôles relatifs des facteurs démographiques, sociaux et sélectifs sur la sélection de partenaires reproducteurs chez le gorille des plaines de l’ouest

Résumé :
Chez de nombreuses espèces, il a été montré que les stratégies de choix de partenaires socio-sexuels par un individu étaient liées aux qualités de ces partenaires (phénotypiques ou génétiques) et étaient susceptibles de maximiser la qualité de ses descendants et améliorer sa propre valeur adaptative. Nous nous sommes intéressés au choix de partenaires chez les femelles de gorille de plaines de l’ouest par une étude de leur dispersion sociale en lien avec l’influence relative de l’environnement social et des caractéristiques des mâles adultes dans les décisions des femelles à résider dans un groupe social ou à émigrer, et dans leur choix du groupe dans lequel immigrer. Nous avons montré que les femelles immigrent préférentiellement dans des groupes reproducteurs plutôt que vers des mâles solitaires et vers des groupes jeunes plutôt que vieillissants. Les groupes de 10-15 individus sont évités. Les femelles émigrent des groupes contenant une grande proportion d’individus affectés par une maladie de peau. A court terme après un effondrement démographique du à une épidémie à virus Ebola, le taux d’émigration des femelles diminue dans les groupes de grande taille, ce qui suggère une meilleure qualité reproductrice et protectrice des mâles survivants. Les caractéristiques génétiques des partenaires sexuels dans le choix des femelles, notamment les gènes du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) qui codent pour des protéines impliquées dans les défenses immunitaires, peuvent être impliquées dans le choix de partenaire chez certains primates. Son implication éventuelle n’avait jamais été étudiée chez le gorille. Dans cette perspective nous avons cherché à développer une méthode pour étudier ce complexe de gènes à partir d’échantillons d’ADN non invasifs (fèces), c’est-à-dire avec de l’ADN faiblement concentré et dégradé. Nous avons défini une nouvelle amorce puis utilisé des méthodes de séquençage haut débit, d’électrophorèse sur gel à gradient dénaturant et un marqueur microsatellite lié au CMH afin de déterminer une méthode d’analyse à l’échelle populationnelle. Huit nouveaux allèles de CMH ont été détectés par séquençage haut débit. Le marqueur microsatellite présente un schéma d’amplification complexe et nécessite une optimisation des protocoles qui permettra de réduire les couts d’analyses de la variabilité du CMH à l’échelle populationnelle. Nos développements ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude de l’influence du CMH sur le choix de partenaire dans des populations sauvages de primates.

Jury :
Aurélie COHAS, Maitre de conférences, Université Claude Bernard Lyon 1, UMR CNRS 5558 LBBE, Rapportrice
Bernard THIERRY, Directeur de recherche, CNRS IPHC , Rapporteur
Shelly MASI, Maitre de conférences, Muséum National d’Histoire Naturelle, UMR CNRS 7206, Paris, Examinatrice
Joan VAN BAAREN, Professeur, Université Rennes 1, UMR CNRS 6553 ECOBIO, Examinatrice
Nelly MENARD, Directrice de recherche, CNRS UMR 6553 ECOBIO, Directrice de thèse
Pascaline LE GOUAR, Maitre de conférences, Université Rennes 1, UMR CNRS 6553 ECOBIO, Co-directrice de thèse


Soutenance de thèse de Diana ALBERTO


 Olivier Troccaz    11/12/2017 : 08:15

thesard.jpg

Le mercredi 20 décembre 2017 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 20 décembre 2017 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Mécanismes moléculaires des interactions plante-xénobiotique : implication de la régulation des signalisations liées aux stress, au développement et aux voies hormonales

Résumé
Les herbicides sont des polluants suscitant de grandes inquiétudes en raison de leur ubiquité environnementale résultant de leur usage intensif dans l’agriculture moderne et de leur persistance dans les sols et les eaux. Les herbicides peuvent être dégradés par des microorganismes, des plantes ou d’autres processus naturels, produisant alors une vaste gamme de métabolites dont l’impact sur les écosystèmes reste méconnu. Dans un contexte d’évaluation des risques environnementaux, l’étude de la réponse des plantes à des mélanges complexes de xénobiotiques est importante pour estimer les effets des contaminations, notamment dans le cas de pollution résiduelle. Afin d’étudier l’impact de cette diversité de polluants, les mécanismes de réponse et les cibles impliquées, la plante modèle Arabidopsis thaliana a été confrontée à des doses variables de molécules de la famille des triazines constituant une série chimique cohérente : atrazine, herbicide encore largement utilisé au niveau mondial, déséthylatrazine, métabolite chloré de l’atrazine, et hydroxyatrazine, métabolite de déchloration de l’atrazine. Ce travail montre que l’exposition de courte durée à des doses variables d’atrazine, de déséthylatrazine et d’hydroxyatrazine, au niveau racinaire, affecte de manière spécifique et dose-dépendante la croissance précoce et le développement de la plante. La caractérisation d’effets directs et multiples sur la respiration et la croissance racinaire a permis de révéler des mécanismes d’action non-canoniques, distincts de l’action classiquement décrite des triazines sur le photosystème II. Afin d’identifier ces mécanismes, activés en absence de dommages cellulaires, une analyse transcriptomique au niveau du génome entier a été effectuée. Les trois triazines induisent des changements coordonnés et spécifiques dans l’expression des gènes. L’analyse fonctionnelle des gènes différentiellement exprimés et de leur promoteur révèle que les voies de signalisation liées à la fois aux hormones végétales, à la perception de faibles niveaux d’énergie, aux stress environnementaux ainsi qu’aux interactions biotiques sont impliquées dans la réponse aux faibles doses de triazines. Les triazines affectent, en particulier, l’expression de gènes connus pour être régulés par les cytokinines. De manière intéressante, cette famille d’hormones végétales montre des caractéristiques chimiques similaires à celles des triazines. Des études développementales utilisant différentes modalités d’exposition aux triazines et aux cytokinines ont alors été effectuées sur des génotypes sauvages et sur des mutants de la voie de signalisation des cytokinines. L’identification d’interactions spécifiques entre les triazines et les composants de la signalisation des cytokinines a alors mis en évidence des mécanismes potentiels de compétition et/ou d’antagonisme. La caractérisation de ces perturbations au niveau de la transduction du signal pourra permettre à terme d’évaluer l’efficacité des herbicides sur les cultures ainsi que l’impact des contaminations xénobiotiques sur les communautés végétales naturelles. Enfin, l’identification des interactions entre stress xénobiotique, biotique et abiotique approfondira les connaissances sur les effets croisés de la pollution chimique et des stress liés au changement climatique.

Jury :
Claudia COSIO, Professeur, Université de Reims Champagne-Ardenne, Rapporteur
Elisabeth GROSS, Professeur, Université de Lorraine, Rapporteur
Michel COUDERCHET, Professeur, Université de Reims Champagne-Ardenne, Examinateur
Olivier LEPRINCE, Professeur, Agrocampus Ouest, Examinateur
Gwenola GOUESBET, Ingénieur de Recherche, CNRS, Directrice de thèse
Cécile SULMON, Maître de Conférences, Université de Rennes 1, Co-directrice de thèse
Ivan COUÉE, Professeur, Université de Rennes 1, Co-directeur de thèse

Contact : Diana ALBERTO


Séminaire de Richard SIBOUT (IJPB-UMR1318-Versailles; CEPIA-UMR1268-Nantes)



brachypodium.jpg

Le mercredi 13 décembre 2017 à 13h00, salle Bernard AUVRAY, bâtiment 15, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 13 décembre 2017 à 13h00, salle Bernard AUVRAY, bâtiment 15, Campus de Beaulieu, UR1

Brachypodium mutants to accelerate biomass crop breeding

Résumé :
Brachypodium distachyon
emerged recently as model plant for grass crops. With its simple sequenced genome, short life cycle and expanding array of genetic tools, B. distachyon is an excellent system to elucidate the molecular basis of important traits in grasses (e.g. development, grain and biomass production). The small genome size of B. distachyon and recent advances in NGS made it feasible to sequence thousands of mutants to establish a genome-wide sequence-indexed collection of grass mutants. To date, a consortium sequenced a total of 859 mutant lines and identified 804,508 putative SNP mutations and 5,540 putative small deletions. Another 990 mutants are in the sequencing or DNA extraction queue. The collection was extensively validated and characterized using forward and reverse genetics by looking for and characterizing mutations in several genes involved in several traits such as cell wall composition.

Contact : Richard SIBOUT