Séminaire d'Olivier SCHIETTEKATTE (Institut Pasteur)


 Olivier Troccaz    20/04/2018 : 17:14

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Le mercredi 25 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 25 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Rôle des phages dans l’évolution et l’écologie des Leptospira

Résumé : La leptospirose est une zoonose bactérienne de répartition mondiale, causée par des leptospires pathogènes dont le réservoir principal est le rat, qui disperse la bactérie dans l’environnement via ses urines. L’écologie de ces spirochètes reste méconnue malgré l’importance déterminante de la survie des leptospires dans l’environnement, en particulier dans les eaux douces. Le genre Leptospira est très diversifié, avec 23 espèces et plus de 300 sérovars. Les leptospires ont des niches écologiques très diverses, qu’elles soient environnementales ou animales. Ces espèces sont classées selon leur phylogénie (ADNr 16S) en trois groupes : les pathogènes, les intermédiaires et les saprophytes. L’étude de ces spirochètes est difficile, du fait de leur temps de génération particulièrement long et du manque d’outils génétiques. Les études phylogénétiques et évolutives sont rares et ne prennent pas en compte les leptospires saprophytes (très peu d’isolats à ce jour) ce qui constitue un biais important pour des études évolutives robustes. Les bactériophages sont connus pour être des acteurs importants dans l’écologie des bactéries et dans leur évolution. Le séquençage du premier phage lysogénique de leptospires (LE1) a permis de développer des vecteurs-navettes chez Leptospira, et de mettre en évidence des prophages au sein des espèces pathogènes, suggérant un rôle essentiel des leptophages dans leur évolution.
Dans ce travail de thèse, un premier axe de recherche a été développé sur l’étude des phages de leptospires. La caractérisation des seuls leptophages lytiques connus LE3 et LE4 (dont l’hôte est une bactérie saprophyte) a été faite. Nous avons montré par microscopie électronique que ces phages sont des Myoviridae, l’étude du protéome a permis de caractériser (28 protéines), et nous avons identifié un récepteur bactérien de ces phages. Les études génomiques de LE3 et LE4 ont montré très peu d’homologies dans les bases de données ; mais ont néanmoins permis d’identifier un nouveaux prophage au sein du génome du pathogène L. mayottensis. Des tests d’induction à la mitomycine C ont été effectués sur plusieurs souches abritant des prophages, et ont permis de mettre en évidence des queues de phages défectifs. Parallèlement, de nouveaux phages environnementaux ont été recherchés dans des échantillons d’eaux douces, notamment dans l’écosystème insulaire modèle de l’île de Mayotte où la leptospirose est endémique, sans succès jusqu’à présent. Dans un second axe de recherche nous nous sommes concentrés sur l’étude phylogénétique des Leptospires. Des isolements de leptospires de ces mêmes eaux ont été faits pour isoler des hôtes pour les phages recherchés, et plusieurs dizaines de souches ont été isolées, dont quatre nouvelles espèces qui sont en cours de caractérisation en terme de phénotype et de génotype. Ces résultats montrent que la diversité des leptospires est sous estimée. Grâce à une collaboration internationale nous avons enrichi notre banque de génomes et nous avons trouvé par hybridation ADN-ADN in silico 21 nouvelles espèces. Un séquençage de haute qualité (PacBio) a été mené sur 6 de ces espèces et a montré que la présence de plasmides chez les leptospires était plus fréquente qu’attendue, et que ces plasmides sont souvent apparentés à des prophages. Ce travail constitue une base solide indispensable à l’étude évolutive entreprise par le laboratoire. Avec la découverte d’une diversité grandissante et l’utilisation systématique du séquençage complet des souches de la collection du CNR, il a été nécessaire de mettre en place un schéma de typage cgMLST, adapté au genre entier et ayant pour vocation de remplacer d’autres méthodes de typage obsolètes. Un core-génome de 545 gènes a été construit à l’aide de 114 souches représentatives de notre collection afin de proposer un schéma de typage universel. Les 514 génomes rassemblés à ce jour ont également permis la construction d’une nouvelle phylogénie, permettront de faciliter l’identification de gènes de virulence et un suivi épidémiologique à l’échelle globale.

Contact : Olivier SCHIETTEKATTE

Affiche Seminaire 250418


Séminaires de Myriam BORMANS et Claudia WIEGAND



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Le vendredi 20 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 20 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Transfer and fate of toxic cyanobacteria from freshwater to the marine environment (M. Bormans, 13h)

Résumé :
Eutrophication of aquatic ecosystems combined with global warming lead to an increase of the frequency and intensity of cyanobacterial blooms. These photosynthetic microorganisms produce a high number of bioactive molecules including a great diversity of toxins affecting animal and human health. The ecology of freshwater cyanobacteria is well documented but less is known about their transfer and fate to the coastal environment.
 
I will present two complementary projects where we assess the transfer of toxic cyanobacteria via the river continuum into estuarine waters. We aim to better understand the survival of toxic freshwater cyanobacteria in estuarine waters and their impact on estuarine organisms. Combined field and laboratory experiments are being conducted to - determine the direct effects of salinity (as shock and acclimated conditions) on growth and toxins production by freshwater cyanobacteria - investigate the fate of freshwater cyanobacteria and their toxins during the transfer from the freshwater to estuarine environment based on natural samples - expose marine bivalves to freshwater cyanobacteria and assess the cyanotoxins bioaccumulation, to evaluate the potential contamination of estuarine organisms.

Channel Payment for Ecosystem Services CPES (EU-INTERREG) (C. Wiegand, 13h30)

Résumé :
More than 50 % of the water bodies entering the Channel are not classified as of Good Ecological Status due to sedimentation, low oxygen levels, or excess nutrient load, causing cyanobacterial dominance. This in turn causes economical losses for drinking water abstraction, fishing and tourism activities. I will present the project CPES, that started January 2018 and aims to develop PES (Payment for Ecosystem Services) schemes to improve water quality by reducing sedimentation and eutrophication (nitrates and phosphates) with a catchment wide approach. The project comprises 6 pilot studies within the British and French side of the Channel area. One of which is the multi-purpose reservoir Lac au Duc (touristic, drinking water, fishing) and its catchment. We are part of the consortium studying features from catchment (hydrology, land use, nutrient emissions), aquatic ecology (eutrophication), and economy (evaluation of public policies applied to agriculture and environmental economics, design of PES).
Reducing cyanobacterial dominances requires a long-term reduction of the nutrient load and input, and can be accomplished by acute treatments. These acute treatments (e.g. hydrogen peroxide, ultra-sound) need a thorough analysis of the eutrophication scenario, and the ecological state of the lake, to meet both, efficiency and environmental safety demands.

Contacts : Myriam BORMANS et Claudia WIEGAND

Affiche Seminaire RITME 200418


JADORR-SBP 2018



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Mardi 17 avril 2018, aura lieu à la SBP la Journée d'Accueil par les Doctorants sur les Outils, Ressources et Recherches de la Station Biologique de Paimpont (aka JADORR).

Mardi 17 avril 2018, aura lieu à la SBP la Journée d'Accueil par les Doctorants sur les Outils, Ressources et Recherches de la Station Biologique de Paimpont (aka JADORR).

L'événement sera couvert (photos, Twitter, Facebook, etc.) et nous disposerons ainsi au courant de la semaine prochaine d'un texte synthèse et illustré de cet événement.

Pour plus d'informations, vous pouvez :

- consulter le site web https://jadorr-sbp2018.sciencesconf.org/ et l'édition précédante (https://jadorr-sbp2016.sciencesconf.org/)

- lire la présentationJADORR-SBP-2018

- ou nous contacter :

  • Morgane Hervé (@)
  • Kevin Hoeffner (@)
  • Olivier Norvez (@)

Séminaire d'Armand CAVE-RADET, Cécile MONARD et Abdelhak EL AMRANI



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Le vendredi 13 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 13 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Les microRNAs peuvent-ils être à l’origine du  phénotype étendu dans le système plante microorganismes du sol ? 
Application en Ingénierie Ecologique

Résumé : Dans les écosystèmes naturels les plantes sont en interaction étroite avec les microorganismes du sol au sein de leur rhizosphère. Jusqu’à présent seules les communications chimiques basées sur la libération d’exsudats racinaires par les plantes ou encore par la production d’hormones de croissance végétale par les microorganismes du sol ont été décrites. Avec la découverte des microRNAs dans les années 1990, de nouvelles voies d’interaction plante-microbiote sont envisageables. En effet, il s’agit de petits ARNs non codants d’une vingtaine de paires de bases qui ont un rôle clé dans la régulation de l’expression des gènes et sont donc considérés comme des régulateurs fondamentaux des processus biologiques. La production de microRNAs a été mise en évidence dans de nombreux organismes, des plantes aux mammifères et, des résultats originaux publiés l’année dernière montrent qu’ils constituent un régulateur majeur du microbiote du tube digestif chez les humains (Liu et al., 2016).

Les plantes produisent une grande diversité de ces microRNAs ayant des rôles majeurs dans leur croissance et leur développement ainsi que dans leur réponse au stress et aux pathogènes. Alors que la connaissance des mécanismes permettant aux plantes de réguler leur microbiote rhizosphérique reste encore très fragmentaire, nous envisageons d’explorer l’idée d’une implication de ces microRNAs dans ces processus d’interaction.

Dans le cadre de l’axe transversal ‘Phénotype étendu’, nous avons conduit une expérimentation pour identifier par séquençage (illumina HiSeq) des microRNAs dans la rhizosphère de deux plantes modèles (dont le génome entier est disponible dans les banques de données publiques) afin de relier leurs abondances à la structure et à la composition des communautés microbiennes associées aux racines. Une partie des résultats relatifs au miRNAs ont maintenant été acquis et vous seront présentés au cours de ce séminaire

Contacts : Armand CAVE-RADET, Cécile MONARD et Abdelhak EL AMRANI

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Séminaire de Claire BAJOU (Plateforme 2PE)


 Olivier Troccaz    30/03/2018 : 16:16

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Le jeudi 5 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 5 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Session information appels à projets Européens

La plateforme projets européens, 2PE, vous accompagne dans le développement de votre projet, de l'idée jusqu'à l'acceptation.

2PE est un dispositif mutualisé qui soutient et valorise la participation de la communauté académique bretonne aux programmes européens dédiés à la recherche et l'innovation, Horizon 2020 et ERA-Nets notamment.

Claire BAJOU, Ingénieure projets à la plateforme et référente ECOBIO, vous présentera les opportunités de financements ainsi que les soutiens disponibles en Bretagne, et répondra à vos questions.

Contact : Claire BAJOU

Seminaire 5 Avril 2018