4ème Colloque d'Ecophysiologie Animale



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28-30/10/19 - Colloque francophone

Le 4ième Colloque d'Ecophysiologie Animale est organisé à Rennes par le labo ECOBIO du 28 au 30 octobre 2019. Il succède aux trois premières éditions organisées en 2013 (Lyon), 2015 (La Rochelle) et 2017 (Strasbourg).


Evaluer et prédire les effets de l'environnement et des activités humaines sur les populations animales nécessite une meilleure compréhension des mécanismes physiologiques développés par les individus pour faire face à la variabilité de leur milieu. L'écophysiologie est une discipline dont l'objectif principal est l'étude de ces mécanismes. Elle s'appuie sur une approche intégrative, développée à plusieurs niveaux d'organisation biologique, du gène à la population.


Les thématiques de cette conférence francophone dédiée aux modèles animaux (terrestres ou aquatiques) sont :

- Les réponses écophysiologiques aux changements climatiques

- La physiologie environnementale

- L’écophysiologie du stress

- L'écologie des contaminants et l'écotoxicologie

- L'écophysiologie des interactions biotiques

- La plasticité phénotypique et traits d’histoire de vie

La date limite de soumission des propositions de communications orales et affichées est fixée au 31 juillet 2019.

Contacts pour plus d’information : @

Site du colloque : https://cepa4.sciencesconf.org/

Contacts ECOBIO : Hervé COLINET et David RENAULT


Réponses biogéochimiques des tourbières aux perturbations globales et locales : de l’observation à la restauration



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28/06/19 - Séminaire de Sébastien GOGO, UMR CNRS ISTO Université d'Orléans

Le vendredi 28 juin 2019 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Réponses biogéochimiques des tourbières aux perturbations globales et locales : de l’observation à la restauration

Les tourbières ne couvrent que 3% de la surface des continents, mais elles contiennent entre 1/4 et 1/3 du C des sols mondiaux. Ces "hot-spots" de stockage de carbone (C) sont soumis à de multiples perturbations locales et globales. En agissant sur les facteurs physiques (température, profondeur de la nappe d'eau), les perturbations pourraient transformer ces écosystèmes puits en source durable de C avec pour effet de rétroagir positivement sur les changements globaux. De plus, les perturbations induisent des changements de végétation dont les effets sur le cycle et le bilan de C sont encore peu étudiés. Dans ce contexte, les questions sur lesquelles je travaille sont : 1) comment sont affectées les composantes du cycle du C dans une tourbière soumises à un changement de végétation, 2) le fonctionnement en source de C d'une tourbières est-il réversible et 3) quelle rétroaction va se mettre en place dans le contexte des changements climatiques? Pour répondre à ces questions, l'approche adoptée est multi-échelle. Mon site d'étude principal est la tourbière de la Guette (Sologne). Ce site était dominé par les sphaignes, mais il est maintenant envahi par Molinia caerulea. A l'échelle la plus fine, je montrerai que le mélange de litière dans les tourbières peut entrainer une augmentation de la décomposition. A une échelle intermédiaire, j'exposerai les résultats d'une expérience en mésocosmes sur l'effet de la présence de Molinia caeruelae sur les flux de gaz à effet de serre. A l'échelle la plus large, je présenterai le bilan de C à l'échelle de l'écosystème. Au-delà de la compréhension du fonctionnement des tourbières, mon travail porte aussi sur la restauration de la fonction puits C de ces systèmes, dont je montrerai des résultats préliminaires. Enfin, après une présentation de mes activités de recherche et d'observation au niveau national et international, je présenterai quelques perspectives.

Contact : Sébastien GOGO


Étude des bactéries oxydantes du fer dans les aquifères hétérogènes : rôle dans le fonctionnement biogéochimique des zones d'interface



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26/06/19 - Soutenance de thèse de Lorine BETHENCOURT

Le mercredi 26 juin 2019 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Étude des bactéries oxydantes du fer dans les aquifères hétérogènes : rôle dans le fonctionnement biogéochimique des zones d'interface

Résumé : Les bactéries de la famille des Gallionellaceae (β-proteobacteria) oxydent le fer dissous à pH neutre pour alimenter leur métabolisme énergétique. Ces bactéries sont endémiques des habitats microaérobies, où elles peuvent rivaliser avec l'oxydation abiotique rapide du fer par l'oxygène. Elles sont ainsi retrouvées généralement dans les zones d’interface entre l’atmosphère et un compartiment anoxique riche en fer, tel qu’une résurgence d’eau souterraine. Pourtant ces cinq dernières années, de plus en plus d’études attestent de la présence des Gallionellaceae en profondeur dans certains milieux souterrains, à des profondeurs où ils sont généralement considérés comme anoxiques. Dans plusieurs de ces milieux, comme par exemple certains aquifères du massif armoricain (Bretagne, France), les Gallionellaceae semblent même dominer les communautés microbiennes présentes. Cela suggère que non seulement il existe des zones d’interface en profondeur dans ces aquifères entre un compartiment contenant de l’oxygène et un compartiment anoxique riche en fer, mais aussi que ces zones d’interface peuvent avoir un rôle prépondérant dans le maintien des populations microbiennes en profondeur. L’objectif de cette thèse était ainsi d’explorer la diversité et l’écologie des Gallionellaceae au sein des milieux souterrains, afin de mieux comprendre le fonctionnement biogéochimique global de ces milieux. Une approche pluridisciplinaire a été privilégiée pour répondre à cet objectif, faisant intervenir des analyses hydrogéochimiques et métagénomiques sur plusieurs sites du massif Armoricain.

Abstract: Bacteria of the Gallionellaceae family (β-proteobacteria) oxidise dissolved iron at circumneutral pH to fuel their energy metabolism. These bacteria are endemic of microaerobic habitats, where they can outcompete the rapid abiotic oxidation of iron with oxygen. They are thus generally found in the interface areas between the atmosphere and an anoxic iron-rich compartment, such as a resurgence of groundwater. However, in the last five years, several studies have shown the presence of Gallionellaceae at depth in some subsurface environments, at depths where they are generally anoxic. In several of these environments, such as some aquifers in the Armorican basement (Brittany, France), Gallionellaceae even seem to dominate the microbial communities. This suggests (I) that there are deep interface zones in these aquifers between an oxygen-containing compartment and an anoxic iron-rich compartment, and (II) that these interface zones can have a major role in maintaining microbial populations at depth. The objective of this thesis was to explore the diversity and the ecology of Gallionellaceae bacteria in these subsurface environments, for uncover their overall biogeochemical functioning. A multidisciplinary approach was used to achieve this objective, involving metagenomic and hydrogeochemical analyses.

Jury :

  • Bénédicte MENEZ - Professeure à l'Université Paris Diderot (Institut de Physique du Globe de Paris) - Rapportrice
  • Frédéric PARTENSKY - Directeur de recherche CNRS (Station biologique de Roscoff) - Rapporteur
  • Emmanuelle PETELET-GIRAUD - Chargée de recherche au BRGM (Bureau de Recherche Géologiques et Minières) - Examinatrice
  • Céline BROCHIER-ARMANET - Professeure à l'Université Claude Bernard Lyon 1 (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive) - Examinatrice
  • Jean-Raynald DE DREUZY - Directeur de recherche CNRS (Laboratoire Géosciences Rennes) - Examinateur
  • Luc AQUILINA - Professeur à l'Université de Rennes 1 (Laboratoire Géosciences Rennes) - Directeur de thèse
  • Alexis DUFRESNE - Chargé de recherche CNRS (Laboratoire ECOBIO) - Co-directeur de thèse

Contact : Lorine BETHENCOURT


Réponses écophysiologiques des insectes aux stress environnementaux



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24/06/19 - Soutenance d'HDR d'Hervé COLINET

Le vendredi 24 juin 2019 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Réponses écophysiologiques des insectes aux stress environnementaux

Jury :
- Dominique JOLY DR CNRS Université Paris Sud, Paris Rapporteur
- Frédéric SILVESTRE Professeur Université de Namur, Belgique Rapporteur
- Claudio LAZZARI Professeur Université François Rabelais, Tours Rapporteur
- Claudia WIEGAND Professeur Université de Rennes1, Rennes Examinateur
- Patricia BELDADE Professeur Université de Lisbonne, Portugal Examinateur
- Olivier LOURDAIS CR CNRS HDR Centre d’Etudes Biologiques de Chizé Examinateur

Contact : Hervé COLINET


Impacts évolutifs des séquences répétées dans les génomes



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21/06/19 - Séminaires de Delphine GIRAUD et Cécile MEUNIER

Le vendredi 21 juin 2019 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Impacts évolutifs des séquences répétées dans les génomes

Les séquences répétées et notamment les éléments transposables (ET) prolifèrent dans les génomes eucaryotes ; ils sont contenus par des mécanismes de défense du génome hôte (ex : méthylation de l'ADN). Leur activité génère une dynamique importante, structurant les génomes, et peut altérer l’expression des gènes voisins, voire conduire à l’émergence de nouvelles fonctions.

Dynamique des séquences répétées et leur expression au cours de la spéciation en contexte de polyploïdie (Delphine GIRAUD)

Au cours de leur évolution, les spartines ont connu de nombreux événements d’hybridations interspécifiques et de polyploïdie ayant conduit à la création d’espèces présentant différents niveaux de ploïdie (4x, 6x, 7x, 12x). Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à la dynamique des séquences répétées (quantité dans le génome, expression et régulation des ETs, rôle de certains motifs répétés dans la stabilité de la méiose et fertilité chez une alloheptaploïde envahissante).

Conflits intragénomiques et évolution de la méthylation chez Neurospora (Cécile MEUNIER)

Nous avons étudié les corrélations entre teneur en ET, méthylation et expression des gènes chez Neurospora (ascomycète), notamment en lien avec le système de reproduction. La méthylation semble avoir à la fois des bénéfices et des coûts, car nous montrons dans certains contextes qu'elle inhibe l'expression des ET, mais aussi des gènes à proximité de ceux-ci. Ceci suggère une coévolution entre ETs et systèmes défensifs de l'hôte.

Contacts : Delphine GIRAUD et Cécile MEUNIER