Soutenance de thèse de Manon BALBI



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Le jeudi 30 novembre 2017 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 30 novembre 2017 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Validation de la fonctionnalité des continuités écologiques en milieu urbain : approches plurispécifiques et multi-sites

Résumé :
Le maintien de la connectivité à travers les paysages urbains, par nature très fragmentés, est un enjeu majeur de conservation de la biodiversité urbaine. On observe une prise en compte croissante de la connectivité dans les politiques d’aménagement du territoire, notamment avec l’établissement de la trame verte et bleue. De multiples outils cartographiques permettent de mettre en évidence les continuités écologiques (zones de forte connectivité), mais leur validation fonctionnelle fait souvent défaut. L’objectif de cette thèse est de valider les prédictions d’un modèle de chemin de moindre coût, sur plusieurs villes et avec différents modèles biologiques. Les espèces étudiées présentent différents modes et capacités de dispersion (vol, marche, reptation) et des exigences écologiques spécifiques (préférences pour les milieux herbacés ou boisés). Des protocoles de validation basés sur l’écologie du mouvement et la génétique du paysage sont appliqués, dans un souci de réplication (au sein de plusieurs villes) et de contrôle de la variabilité inter-individuelle. Nos résultats montrent des mouvements accrus au sein des continuités écologiques comparés à ceux observés en contextes paysagers prédits comme non connectés : les hérissons transloqués s’y déplacent sur des distances plus longues, plusieurs passereaux répondent à la repasse de chant sur de plus longues distances et les papillons de nuit montrent des taux de recapture beaucoup plus élevés. Par ailleurs, les analyses indirectes réalisées sur l’escargot petit-gris montrent une relation assez faible entre la différenciation génétique des populations et les modèles de connectivité. Ce travail fournit des arguments scientifiques pour soutenir la mise en place de continuités écologiques en milieu urbain.

Jury :
Marc BELISLE (Professeur, Université de Sherbrooke) Rapporteur
Luc BARBARO (Chargé de Recherche, INRA) Rapporteur
Sandra LUQUE (Directrice de Recherche, IRSTEA) Examinatrice
Luc MADEC (Professeur, Université de Rennes 1) Directeur de thèse
Eric PETIT (Directeur de Recherche, INRA) Co-directeur de thèse
Aude ERNOULT (Maître de Conférences, Université de Rennes 1) Co-directrice de thèse

Contact : Manon BALBI


Soutenance de thèse d'Alix MAS



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Le lundi 27 novembre 2017 à 15h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le lundi 27 novembre 2017 à 15h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Forecasting the evolution of bacteria in a specialization context : a functional approach combining modelling, in vitro experiments and genomic analysis

Abstract:
Is evolution predictable?
While the usual response is an almost unanimous No, a growing corpus of knowledge suggests that it is time to revisit this answer. Even though mutations are still assumed to be random, the detection of genetic patterns underlying evolutionary events opens the door on potential strategies to forecast the evolutionary trajectories followed by organisms when they adapt to changing constraints. When organisms undergo functional specialization to adapt to given environmental cues, the possible evolutionary paths they can take are restrained and should thus be more easily predictable. In this context of reductive evolution through specialization, the objectives of this thesis are to understand better the interaction between environmental constraints, metabolism, genetic evolution and functional adaptations, and in a second time to predict, for given environmental constraints, the evolutionary trajectories which will be followed by organisms to adapt to these constraints. A first approach investigates how changes entailed in metabolisms and functions by a change in environmental constraints could be forecast and tested. Based on a metabolic-centered view, we combined modelling and experimental work to encompass the evolution of specialization at the genetic, metabolic and functional levels. We show that evolution trajectories can partially be predicted according to specific environmental conditions, but that these predictions are limited due to the intricacy of the genetic expression network. A second approach focuses on the importance of biotic interactions as being determinants of evolutionary trajectories, and how by modelling a beneficial rise of dependency on a common good, we could predict the dynamics of a population undergoing such evolutionary events. This interdisciplinary work explores evolutionary determinants and trajectories followed by organism during specialization. It also demonstrates potential for predictions, notably through a metabolic perception of the systems.

Jury:
George KOWALCHUK (Rapporteur) - Professor, Universiteit Utrecht, Ecology and Biodiveristy Department
Sara MITRI (Rapporteur) - Assistant Professor, Université de Lausanne, Département de Microbiologie Fondamentale
Samuel CHAFFRON (Examinateur) - Chargé de Recherche, LS2N UMR 6004, CNRS Nantes
Thomas POMMIER (Examinateur) - Chargé de Recherche, Ecologie Microbienne UMR 5557, INRA Lyon
Yvan LAGADEUC (Directeur de thèse) - Professeur, Université de Rennes 1, ECOBIO UMR 6553
Philippe VANDENKOORNHUYSE (Co-directeur de thèse) - Professeur, Université de Rennes 1, ECOBIO UMR 6553

Contact: Alix MAS


Séminaire d'Hugues RENAULT (Insititut de Biologie Moléculaire des Plantes, Strasbourg)



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Le vendredi 24 novembre 2017 à 12h30, amphi A, bâtiment 2a, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 24 novembre 2017 à 12h30, amphi A, bâtiment 2a, Campus de Beaulieu, UR1

Emergence du métabolisme phénolique: une étape essentielle de la colonisation des terres par les plantes

Résumé :
La colonisation des terres par les plantes a été une étape critique de l’évolution des espèces. Elle a contribué à enrichir l’atmosphère en oxygène tout en fournissant un point d’entrée pour l’énergie solaire, contribuant ainsi au développement d’écosystèmes complexes et de nouvelles formes de vie. Lors de leur transition du milieu aquatique vers le milieu terrestre il y a environ 450 millions d’années, les plantes ont fait face à de nouvelles contraintes, au premier rang desquelles figurent la sécheresse, les irradiations solaires (UV) et les températures extrêmes. L’évolution de la voie des phénylpropanoïdes (i.e. métabolisme phénolique) est associée aux étapes précoces de colonisation des terres par les plantes. Chez les plantes supérieures, cette voie participe à la synthèse de molécules anti-oxydantes et anti-UV, ainsi que de précurseurs de polymères structuraux impliqués dans la gestion des flux d’eau (e.g. la lignine). Ces propriétés suggèrent un rôle dans l’adaptation aux contraintes terrestres. Nous avons testé cette hypothèse en utilisant la mousse Physcomitrella patens qui appartient au groupe de végétaux terrestres le plus ancien, les bryophytes. En étudiant chez P. patens un gène-clef du métabolisme phénolique (CYP98), nous avons mis en évidence qu’une fonction ancestrale de cette voie est la production de précurseurs permettant la mise en place d’une cuticule enrichie en composés phénoliques. Cette cuticule apparaît fondamentale pour l’adaptation aux contraintes terrestres, fournissant à la plante un moyen de lutter contre la dessiccation et les radiations UV, tout en participant à la structuration des tissus pour une croissance érigée.

Contact : Hugues RENAULT

Seminaire  Hugues Renault 201117


Séminaires de George RODERICK et Rosemary GILLESPIE (University of Berkley)



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Le lundi 20 novembre 2017 à 12h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le lundi 20 novembre 2017 à 12h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Invasive species, novel management, and sustainability, on Moorea, French Polynesia

With increased globalization, invasive species continue to have a large impact on natural and managed ecosystems worldwide. Because of their confined boundaries and unique biota islands are particularly well suited for studies of both the impacts of invasive, species but also their management and how society adapts to their presence. Here, I first report on an all taxon DNA survey of Moorea, the Moorea BioCode Project (https://mooreabiocode.org) including both terrestrial and marine habitats. I focus on terrestrial insects to demonstrate how DNA-barcode data can be used to classify non-native species, allowing us to assess more accurately the impacts of invasive species in both natural and managed habitats. Islands offer opportunities for ecosystem-level manipulations targeted at control. One example, in collaboration with the Délégation à la Recherche de la Polynésie française, is the biological control of the glassy-winged sharpshooter achieved by importation of parasitoid predators, which also revealed a biosecurity threat associated with movements of people and goods in the Pacific. A second example by Institut Louis Malardé researchers is the removal of mosquito species from small islands, motus, on nearby Tetiaroa using genetically differing strains of the bacterium Wolbachia. Finally, Island systems are also particularly attractive for sustainability science because ongoing studies at larger scales (e.g., global climate models) can help incorporate external influences simply and effectively. I describe the Island Digital Ecosystem Avatars (IDEA) Project (https://mooreaidea.ethz.ch/project) with the goal to model and predict a sustainable future with islands as a model.

Contact : George RODERICK

 

Origins of diversity in islands: the nexus of ecology and evolution in community assembly

Research on the dynamics of biodiversity has progressed tremendously over recent years, though in two separate directions – ecological, to determine change over space at a given time, and evolutionary, to understand change over time. Integration of these approaches has remained elusive. Archipelagoes with a known geological chronology provide an opportunity to study ecological interactions over evolutionary time. In this presentation I will focus on the Hawaiian archipelago and summarize the development of ecological, and evolutionary research; I emphasize spiders because they have attributes allowing analysis of ecological affinities in concert with diversification. Within this framework, I highlight recent insights from the island chronosequence, in particular (1) the extent to which species diversification is predictable – and why some lineages might show predictable patterns of diversification while others do not. And (2) how the differences between lineages in their patterns of adaptive differentiation appear to be reflected in the patterns of accumulation (under representation or overshoot relative to an island’s carrying capacity). Insights into biodiversity dynamics at the nexus of ecology and evolution are now achievable by integrating new tools. In particular, large-scale metabarcoding efforts provide data on species abundance, diversity, and interactions. Coupling this with ecological metrics (interaction networks, species abundance distributions) across the chronosequence can uncover the evolutionary dynamics of the entire community, showing not only how diversity has been shaped in the past, but also how it will be expected to accommodate change in the future.

Contact: Rosemary GILLESPIE


Séminaire d'Annegret NICOLAI, Muriel GUERNION et Régis SUPPER


 Olivier Troccaz    09/11/2017 : 08:55

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Le vendredi 17 novembre 2017 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 17 novembre 2017 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

L’observatoire photographique du paysage: Un outil interdisciplinaire pour la recherche et l’enseignement

A l’occasion du BioBlitz du 18-19 Juillet 2017, l’observatoire photographique du paysage a été lancé à la Station Biologique de Paimpont. Dans sa réalisation et son utilisation, cet observatoire peut suivre un questionnement socioécologique et permettre de suivre les changements du paysage dans le temps, tels que l’usage des terres, des effets du réchauffement climatique ou de la gestion des milieux à long terme etc.

Venez découvrir ce qu'est un observatoire photographique du paysage

L’inventaire des prises de vue qui a été réalisé en partenariat avec l’Encyclopédie de Brocéliande à partir d’une collection d’anciennes photographies à différentes échelles du paysage

Les possibilités d’utilisation des données et de mise en place des séries d’observations selon vos objectifs de recherche

Cet observatoire est une création d’EcoBio pour EcoBio.

Contact : @

Seminaire OPP 17112017