Séminaires de Jeniffer ALVAREZ BACA et Julien PETILLON



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Le vendredi 18 janvier 2019 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 18 janvier 2019 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Host suitability for Aphidius colemani (Hymenoptera: Braconidae): Can host origin influence parasitoid’s choice and progeny fitness?

Abstract: Plant diversity in agroecosystems is known to increase the stability of communities and the ecosystem service of biocontrol, through providing refuges and different food resources for alternative hosts and for pest natural enemies. Alternative hosts could allow parasitoids to overwinter, favoring an early colonization of target crops, then increasing the attack of pest hosts. However, it is necessary to check whether this transition between two host species by parasitoids affect the host-searching behavior of the female parasitoid and the fitness of the first generation in the target host species. The aphid species Myzus persicae on peach orchards and Rhopalosiphum padi in cereals share natural enemies, such as the parasitoid Aphidius colemani. During winter months in Chile, R. padi is parasitized by A. colemani on the first stages of winter grasses, being able to act as a refuge for parasitoids to ensure the early arrival of A. colemani to peach orchards for the control of M. persicae. It is hypothesized that there is no host preference by A. colemani, regardless the host of origin, and that both aphid species represent equal quality hosts for A. colemani. To test these hypotheses, we evaluated the host preference and performance of A. colemani collected from R. padi in cereals and M. persicae in peaches, through different behaviors and fitness traits as parasitism rate, progeny survival and developmental time. Our results showed preference of females A. colemani to one aphid host (R. padi) regardless of the host of origin. Higher defensive behavior of M. persicae could be an explanation for its less profitability. Despite differences, both aphid species are suitable for development. Further investigation of the interactions among A. colemani and both M. persicae and R. padi, are therefore important for the implementation of this biocontrol method.

Contact: Jeniffer ALVAREZ BACA

Ecology of salt-marsh arthropods (with a focus on spiders)

Résumé : Les marais salés intertidaux, zones d’interface entre terre et mer, abritent une biodiversité relativement pauvre en espèces mais hautement spécialisée, notamment en raison des contraintes fortes d’immersion et de salinité qui y règnent. Dans cette présentation, nous ferons la synthèse des travaux que nous menons sur l’écologie des Arthropodes de ces habitats.

Contact : Julien PETILLON


Séminaire d'Henning NOTTEBROCK (South Dakota State University)


 Olivier Troccaz    15/12/2018 : 18:25

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Le vendredi 21 décembre 2018 à 13h00, salle B.

Le vendredi 21 décembre 2018 à 13h00, salle B. AUVRAY, bâtiment 15, Campus de Beaulieu, UR1

The evolution of spatiotemporal interactions revealing community dynamics

Abstract: Incorporating evolutionary aspects with ecosystem functioning is fundamental for a comprehensive understanding of plant community dynamics and coexistence. In particular, there is a need to link evolutionary genetics with community ecology to understand the origins of community features. Intraspecific genetic variation in plants can affect community composition and coexistence when evolutionary mechanisms, such as mutation, changes their competition ability. However, it is poorly known how intraspecific genotypic variation plays a role in coexistence and community dynamics. Using trait-based neighborhood models, we quantify the evolution of plant species interactions by linking spatial interactions with spontaneous mutations as a key evolutionary mechanism. We show that spontaneous mutations provide a mechanism for plants to quickly evolve niches and may drive competition, facilitation and selection with profound consequences for future population and community dynamics.

Contact: Henning NOTTEBROCK


Soutenance de thèse d'Armand CAVE-RADET



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Le mercredi 19 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 19 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Évolution de la tolérance aux Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAPs) chez les spartines polyploïdes : Analyses physiologiques et régulations transcriptomiques par les micro-ARNs

Résumé : Cette étude vise à explorer les mécanismes de tolérance des plantes aux xénobiotiques organiques de la famille des HAPs (phénanthrène), à travers l’analyse de l’impact des évènements de spéciation par hybridation et duplication génomique (allopolyploïdie). Nous avons pour cela mené une approche comparative sur un modèle de spéciation allopolyploïde récente, constitué des espèces parentales hexaploïdes S. alterniflora et S. maritima, et de l’allopolyploïde S. anglica qui résulte de la duplication du génome de leur hybride F1 S. x townsendii. Une approche intégrative basée sur des analyses physiologiques et moléculaires nous a permis de montrer que chez Spartina l’hybridation et le doublement du génome augmentent la tolérance aux xénobiotiques. Le parent paternel S. maritima se montre particulièrement sensible au phénanthrène par rapport au parent maternel S. alterniflora. Différentes analyses transcriptomiques ont permis l’identification de novo de transcrits spécifiquement exprimés en condition de stress, et l’annotation des petits ARNs (miARNs, leurs gènes cibles, et siARNs) agissant en tant que régulateurs de l’expression des gènes et la régulation des éléments transposables. Les analyses d’expression différentielle en réponse au stress ont permis de générer un modèle de régulation (miARN/gènes cibles) en réponse aux HAPs, testé par validation fonctionnelle en système hétérologue chez Arabidopsis. Un travail exploratoire de profilage du microbiome de la rhizosphère des spartines exposées au phénanthrène a été réalisé pour préciser les mécanismes de dégradation des xénobiotiques dans l’environnement en vue d’une application dans les stratégies de remédiation verte.

Abstract: We explored mechanisms involved in tolerance to organic xenobiotics belonging to PAHs (phenanthrene), in the context of allopolyploid speciation (hybrid genome duplication). We developed a comparative approach, using a recent allopolyploidization model including the hexaploid parental species S. alterniflora and S. maritima, and the allopolyploid S. anglica, which resulted from genome doubling of the F1 hybrid S. x townsendii. Integrative approach based on physiological and molecular analyses highlights that hybridization and genome doubling enhance tolerance to xenobiotics in Spartina. The paternal parent S. maritima exhibits higher sensitivity compared to the maternal parent S. alterniflora. Various transcriptomic analyses were performed, to identify de novo stress responsive transcripts, and to annotate small RNAs (miRNAs, their target genes, and siRNAs) involved in gene expression and transposable element regulations. Differential expression analyses in response to stress allowed us to develop a putative miRNA regulatory network (miRNA/target genes) in response to PAH, functionally validated in Arabidopsis as heterologous system. An exploratory profiling of Spartina rhizosphere microbiome exposed to phenanthrene was also performed to characterize environmental degradation abilities, in the perspective of optimizing green remediation strategies.

Jury :

Rapporteurs :

  • Jean-Philippe COMBIER DR CNRS, LRSV (Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales) Castanet-Tolosan
  • Cristina VIEIRA-HEDDI Professeur, UCBL (Université Claude Bernard Lyon 1)

Examinateurs :

  • Ivan COUÉE Professeur, Université de Rennes 1
  • Karine ALIX Maitre de conférence (HDR), AgroParisTech

Co-directeurs de thèse :

  • Abdelhak EL AMRANI Maitre de conférence (HDR), Université de Rennes
  • Malika AÏNOUCHE Professeur, Université de Rennes 1 (membre invité)
  • Armel SALMON Maitre de conférence, Université de Rennes 1

Contact : Armand CAVE-RADET


Soutenance de thèse de Kevin HOEFFNER



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Le mardi 18 décembre 2018 à 14h30, dans l'amphithéâtre de la Station Biologique de Paimpont.

Le mardi 18 décembre 2018 à 14h30, dans l'amphithéâtre de la Station Biologique de Paimpont.

Évaluation de la contribution fonctionnelle des espèces lombriciennes anéciques à la décomposition des litières prairiales - Variabilité inter-espèces au sein d'une même catégorie écologique

Résumé : La décomposition des litières est un processus clé du fonctionnement du sol contribuant à de nombreux services écosystémiques. En climat tempéré, les lombriciens en interaction avec les micro-organismes du sol, contribuent significativement à ce processus. Cependant, les connaissances sur les lombriciens ciblent le plus souvent les trois catégories écologiques selon lesquelles ils sont définis : les épigés, les endogés et les anéciques. Les anéciques sont très répandus dans les sols tempérés, constituent la majeur partie de la biomasse lombricienne et interviennent dans la décomposition des litières. Plusieurs études ont observé des traits comportementaux, morphologiques et physiologiques distinguant deux sous-catégories au sein des anéciques : les épi-anéciques et les anéciques stricts. Le premier objectif de ce travail de thèse était de vérifier si cette distinction avait une réalité dans le cadre du processus de décomposition des litières. En conditions contrôlées, nous avons évalué (i) le rôle des principales espèces anéciques dans le processus de décomposition, (ii) l’impact de ces espèces sur les communautés de microorganismes et (iii) les activités enzymatiques des microorganismes du sol et (vi) l’impact des interactions entre espèces anéciques sur le processus de décomposition. A partir d’observations sur le terrain, le second objectif de ce travail de thèse était de définir les règles d’assemblages des communautés lombriciennes en prairie compte-tenu de leurs rôles majeurs dans divers processus du sol. Les résultats obtenus ont confirmé la distinction entre lombriciens épi-anéciques et anéciques stricts : les épi-anéciques étant les seuls à contribuer au processus de décomposition des litières et celui-ci étant corrélé à la biomasse individuelle moyenne de chaque espèce. Cette contribution passe par une plus forte stimulation des activités enzymatiques du sol, indépendamment des espèces considérées. En revanche, contrairement aux bactéries, les communautés fongiques du sol dépendent de l’espèce épi-anécique avec laquelle ils interagissent. Ce travail met également en évidence que l’abondance, la biomasse et la diversité des communautés lombriciennes des sols prairiaux sont régulées par différents filtres environnementaux dont la diversité du paysage. Ainsi, cette thèse fait ressortir que les deux sous-catégories écologiques au sein des anéciques ont des rôles différents sur le processus de décomposition des litières et qu’elles contribuent donc à des services écosystémiques fournis par le sol de manière différenciée.

Mots clés : Microorganismes, activités enzymatiques, communautés, interaction intra- et inter-spécifique, paysage.

Jury :

Alain BRAUMAN, Directeur de Recherche, IRD Montpellier -- Rapporteur
Thibaud DECAENS, Professeur, Université de Montpellier -- Rapporteur
Éric CHAUVET, Directeur de Recherche, Université de Toulouse III -- Examinateur

Pierre-Alain MARON, Directeur de Recherche, INRA Dijon -- Examinateur
Jérôme MATHIEU, Maître de conférences, Université Pierre et Marie Curie -- Examinateur

Guénola PERES, Maître de conférences, INRA/Agro-campus Ouest Rennes -- Examinatrice

Daniel CLUZEAU, Maître de conférences, Université de Rennes 1 -- Co-directeur de thèse
Cécile MONARD, Chargée de Recherche, Université de Rennes 1 -- Co-directrice de thèse

Contact : Kevin HOEFFNER


Soutenance de thèse de Nadège BELOUARD



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Le jeudi 13 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 13 décembre 2018 à 14h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Coexistence d’espèces dans des habitats discontinus. Le cas d’espèces natives et invasives dans des réseaux de mares

Résumé : La question de la coexistence entre espèces est cruciale dans le contexte des changements globaux, où certaines espèces colonisent de nouveaux écosystèmes, tel le cas des espèces invasives. Dans les habitats discontinus, la coexistence entre espèces invasives et natives gagne à être considérée à la lumière de la théorie des métacommunautés, et en particulier en examinant séparément les processus de dispersion et les interactions locales afin de déterminer leurs effets relatifs. Les approches observationnelles en milieux naturels permettent par ailleurs la prise en compte de la complexité des relations possibles. C’est le travail abordé dans cette thèse à travers l’exemple de l’effet de l’invasion de réseaux de mares par l’écrevisse de Louisiane sur les amphibiens natifs. La densité des larves et la distribution des amphibiens ont montré la coexistence avec l’écrevisse dans les mares. Grâce à la génétique du paysage, la dispersion de l’écrevisse s’est révélée fortement contrainte par le caractère discontinu des habitats, contrairement à celle des amphibiens, bien qu’elle ait été variable parmi les trois espèces étudiées. Les analyses d’isotopes stables ont montré que malgré sa position centrale dans les réseaux trophiques, l’écrevisse n’avait pas de fortes interactions trophiques avec les amphibiens, tout au plus un effet indirect par la modification de l’habitat. Sur la base des mécanismes considérés ici, la coexistence entre les amphibiens natifs et l’écrevisse invasive semble ainsi envisageable. Des suites de ce travail sont initiées à l’échelle des communautés grâce à l’ADN environnemental.

Abstract: The question of species coexistence is crucial in the context of global changes, where some species colonize new ecosystems, such as the case of invasive species. In patchy habitats, the coexistence between invasive and native species gains at being considered in the light of the metacommunity theory, and particularly by examining separately the processes of dispersal and local interactions to determine their relative effects. Besides, observational approaches in natural habitats allow to account for the complexity of the possible relationships. It is the work tackled in this thesis through the example of the effect of the red swamp crayfish on native amphibians in pond networks. The density of larvae and the distribution of native amphibians showed the co-occurrence with the crayfish in ponds. Owing to landscape genetics, the dispersal of crayfish was shown to be highly constrained by the patchy nature of habitats, contrary to that of amphibians, although it was variable among the three species considered. The stable isotope analyses showed that, despite its central position in the food webs name, the crayfish did not have strong trophic interactions with amphibians, all the more an indirect effect through habitat modification. On the basis of the mechanisms considered here, the coexistence between native amphibians and the invasive crayfish seem possible. Perspectives from this work are envisaged at the community scale using environmental DNA.

Contact : Nadège BELOUARD