AG ZA Armorique



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Le vendredi 1er juin 2018 dès 9h00

Le vendredi 1er juin 2018 dès 9h00

Assemblée Générale de la ZA Armorique

Elle sera structurée selon le programme suivant:

- 9h: présentation du dispositif pour ceux qui souhaiteraient découvrir

- 10h: présentation des activités en cours de la ZA (retour sur l'évaluation, présentation de résultats marquants et des nouveaux projets, infos diverses)

repas

- 14h: animation scientifique des axes de recherche de la ZA

L'AG est ouverte à tous donc n'hésitez pas à venir, même si vous n'en faites pas encore partie !
Pour participer au repas, il faudra s'inscrire sur le lien suivant: https://doodle.com/poll/67v7nhgde6fgsfir (ne remplir que pour la date du 1er juin)


Séminaire de David RENAULT (Equipe PHENOME)


 Olivier Troccaz    22/05/2018 : 13:40

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Le vendredi 25 mai 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 25 mai 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Conférence Internationale d'Ecologie Scientifique - Sfécologie 2018

En octobre 2018, nous organiserons la prochaine Conférence Internationale d’Ecologie Scientifique, Sfecologie2018 (https://sfecologie2018.sciencesconf.org/), une conférence de la Société Française d’Ecologie et d’Evolution (SFe²). Cette conférence se déroulera dans le centre historique de Rennes, du 22 au 25 Octobre 2018, au Couvent des Jacobins (https://centre-congres-rennes.fr/).

Afin de vous tenir informés de l’avancement de l’organisation de cette conférence, nous vous proposons ce séminaire dédié à ‘Sfecologie2018’. Cet échange nous permettra de vous présenter les orateurs invités, les symposia retenus, les résumés reçus pour les différentes sessions thématiques, le planning prévisionnel de la conférence, et les animations prévues. Ce sera aussi l’occasion de vous présenter les aspects pour lesquels nous aurons besoin d’aide, que ce soit en amont de la conférence, ou bien durant la conférence !

Contact : David RENAULT

 Affiche Seminaire SFE 250518


Séminaire de Céline PALLUD (Université de Californie, Berkeley)



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Le vendredi 18 mai 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 18 mai 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

From the aggregate - to the horizon-scale: Addressing coupled biogeochemical and transport processes controlling iron reduction in soils

Abstract: Iron (hydr)oxides are ubiquitous in soils and sediments and play a dominant role in the geochemistry of surface and subsurface environments. Their fate depends on local environmental conditions, which in structured (aggregated) soils may vary significantly over short distances due to mass-transfer limitations on solute delivery and metabolite removal. This presentation will discuss the use of flow-through reactors of increasing complexity, to study the coupling of physical, and (bio)geochemical processes affecting iron cycling in soils in order to fill the gap between understanding of well mixed batch systems and observations on complex natural subsurface systems.

Contact: Céline PALLUD


Séminaire d'Olivier SCHIETTEKATTE (Institut Pasteur)


 Olivier Troccaz    20/04/2018 : 17:14

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Le mercredi 25 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 25 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Rôle des phages dans l’évolution et l’écologie des Leptospira

Résumé : La leptospirose est une zoonose bactérienne de répartition mondiale, causée par des leptospires pathogènes dont le réservoir principal est le rat, qui disperse la bactérie dans l’environnement via ses urines. L’écologie de ces spirochètes reste méconnue malgré l’importance déterminante de la survie des leptospires dans l’environnement, en particulier dans les eaux douces. Le genre Leptospira est très diversifié, avec 23 espèces et plus de 300 sérovars. Les leptospires ont des niches écologiques très diverses, qu’elles soient environnementales ou animales. Ces espèces sont classées selon leur phylogénie (ADNr 16S) en trois groupes : les pathogènes, les intermédiaires et les saprophytes. L’étude de ces spirochètes est difficile, du fait de leur temps de génération particulièrement long et du manque d’outils génétiques. Les études phylogénétiques et évolutives sont rares et ne prennent pas en compte les leptospires saprophytes (très peu d’isolats à ce jour) ce qui constitue un biais important pour des études évolutives robustes. Les bactériophages sont connus pour être des acteurs importants dans l’écologie des bactéries et dans leur évolution. Le séquençage du premier phage lysogénique de leptospires (LE1) a permis de développer des vecteurs-navettes chez Leptospira, et de mettre en évidence des prophages au sein des espèces pathogènes, suggérant un rôle essentiel des leptophages dans leur évolution.
Dans ce travail de thèse, un premier axe de recherche a été développé sur l’étude des phages de leptospires. La caractérisation des seuls leptophages lytiques connus LE3 et LE4 (dont l’hôte est une bactérie saprophyte) a été faite. Nous avons montré par microscopie électronique que ces phages sont des Myoviridae, l’étude du protéome a permis de caractériser (28 protéines), et nous avons identifié un récepteur bactérien de ces phages. Les études génomiques de LE3 et LE4 ont montré très peu d’homologies dans les bases de données ; mais ont néanmoins permis d’identifier un nouveaux prophage au sein du génome du pathogène L. mayottensis. Des tests d’induction à la mitomycine C ont été effectués sur plusieurs souches abritant des prophages, et ont permis de mettre en évidence des queues de phages défectifs. Parallèlement, de nouveaux phages environnementaux ont été recherchés dans des échantillons d’eaux douces, notamment dans l’écosystème insulaire modèle de l’île de Mayotte où la leptospirose est endémique, sans succès jusqu’à présent. Dans un second axe de recherche nous nous sommes concentrés sur l’étude phylogénétique des Leptospires. Des isolements de leptospires de ces mêmes eaux ont été faits pour isoler des hôtes pour les phages recherchés, et plusieurs dizaines de souches ont été isolées, dont quatre nouvelles espèces qui sont en cours de caractérisation en terme de phénotype et de génotype. Ces résultats montrent que la diversité des leptospires est sous estimée. Grâce à une collaboration internationale nous avons enrichi notre banque de génomes et nous avons trouvé par hybridation ADN-ADN in silico 21 nouvelles espèces. Un séquençage de haute qualité (PacBio) a été mené sur 6 de ces espèces et a montré que la présence de plasmides chez les leptospires était plus fréquente qu’attendue, et que ces plasmides sont souvent apparentés à des prophages. Ce travail constitue une base solide indispensable à l’étude évolutive entreprise par le laboratoire. Avec la découverte d’une diversité grandissante et l’utilisation systématique du séquençage complet des souches de la collection du CNR, il a été nécessaire de mettre en place un schéma de typage cgMLST, adapté au genre entier et ayant pour vocation de remplacer d’autres méthodes de typage obsolètes. Un core-génome de 545 gènes a été construit à l’aide de 114 souches représentatives de notre collection afin de proposer un schéma de typage universel. Les 514 génomes rassemblés à ce jour ont également permis la construction d’une nouvelle phylogénie, permettront de faciliter l’identification de gènes de virulence et un suivi épidémiologique à l’échelle globale.

Contact : Olivier SCHIETTEKATTE

Affiche Seminaire 250418


Séminaires de Myriam BORMANS et Claudia WIEGAND



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Le vendredi 20 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 20 avril 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Transfer and fate of toxic cyanobacteria from freshwater to the marine environment (M. Bormans, 13h)

Résumé :
Eutrophication of aquatic ecosystems combined with global warming lead to an increase of the frequency and intensity of cyanobacterial blooms. These photosynthetic microorganisms produce a high number of bioactive molecules including a great diversity of toxins affecting animal and human health. The ecology of freshwater cyanobacteria is well documented but less is known about their transfer and fate to the coastal environment.
 
I will present two complementary projects where we assess the transfer of toxic cyanobacteria via the river continuum into estuarine waters. We aim to better understand the survival of toxic freshwater cyanobacteria in estuarine waters and their impact on estuarine organisms. Combined field and laboratory experiments are being conducted to - determine the direct effects of salinity (as shock and acclimated conditions) on growth and toxins production by freshwater cyanobacteria - investigate the fate of freshwater cyanobacteria and their toxins during the transfer from the freshwater to estuarine environment based on natural samples - expose marine bivalves to freshwater cyanobacteria and assess the cyanotoxins bioaccumulation, to evaluate the potential contamination of estuarine organisms.

Channel Payment for Ecosystem Services CPES (EU-INTERREG) (C. Wiegand, 13h30)

Résumé :
More than 50 % of the water bodies entering the Channel are not classified as of Good Ecological Status due to sedimentation, low oxygen levels, or excess nutrient load, causing cyanobacterial dominance. This in turn causes economical losses for drinking water abstraction, fishing and tourism activities. I will present the project CPES, that started January 2018 and aims to develop PES (Payment for Ecosystem Services) schemes to improve water quality by reducing sedimentation and eutrophication (nitrates and phosphates) with a catchment wide approach. The project comprises 6 pilot studies within the British and French side of the Channel area. One of which is the multi-purpose reservoir Lac au Duc (touristic, drinking water, fishing) and its catchment. We are part of the consortium studying features from catchment (hydrology, land use, nutrient emissions), aquatic ecology (eutrophication), and economy (evaluation of public policies applied to agriculture and environmental economics, design of PES).
Reducing cyanobacterial dominances requires a long-term reduction of the nutrient load and input, and can be accomplished by acute treatments. These acute treatments (e.g. hydrogen peroxide, ultra-sound) need a thorough analysis of the eutrophication scenario, and the ecological state of the lake, to meet both, efficiency and environmental safety demands.

Contacts : Myriam BORMANS et Claudia WIEGAND

Affiche Seminaire RITME 200418