Séminaire de Christian DAMGAARD (Bioscience, Aarhus University)



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Le mercredi 17 octobre 2018 à 13h00, salle de réunion, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Le mercredi 17 octobre 2018 à 13h00, salle de réunion, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Spatio-temporal structural equation model: Ecology of wet heathlands

Abstract: Structural equation models are highly suited for evaluating ecosystem-level hypotheses, but to be effective structural equation models need to be able to accommodate spatial and temporal data. Here, the importance of different abiotic and biotic drivers on wet heathland vegetation is investigated using a spatio-temporal structural equation model in a hierarchical Bayesian framework.

Ecological data from 39 Danish sites, each with several wet heathland plots, were sampled in the period 2007 to 2014. Including resampling over the years, 1322 plots were sampled. Plant cover was measured using the pin-point method and the joint distribution of the key plant species in the wet heathland ecosystem, Erica tetralix, Calluna vulgaris, Molinia caerulea, and an aggregate class of other higher plants was estimated assuming a Dirichlet-multinomial mixture distribution. The investigated drivers of wet heathland vegetation include nitrogen deposition, soil type, pH, precipitation and grazing.

The study demonstrated that important insight of ecosystem dynamics and regulation can be obtained by spatial and temporal structural equation modelling in a hierarchical Bayesian framework and that the proper statistical modelling of the joint species abundance is a key feature of such models. Furthermore, the advantages of partitioning different types of uncertainties become clear when the fitted structural equation model is used for predictive purposes at a specific site.

Contact: Christian DAMGAARD


Séminaire d'Alix VIDAL (Université de Munich, Allemagne)



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Le vendredi 12 octobre 2018 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 12 octobre 2018 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Interactions entre les plantes, les organismes du sol et le sol: une approche pluridisciplinaire

Résumé : Ma thématique de recherche vise à étudier les interactions entre les plantes, les organismes du sol et le sol. Les plantes produisent, en mourant ou via les processus de rhizodéposition, des éléments clés utilisés par les organismes du sol (macrofaune, mésofaune et communautés microbiennes) comme source d´énergie et pour la production de leur biomasse. Ces organismes consommateurs sont également des décomposeurs qui favorisent la décomposition et la mobilisation des nutriments essentiels pour la plante. Les plantes et les organismes entretiennent ainsi des liens trophiques dans un environnement complexe, le sol, qu´ils participent également à modifier physiquement et biochimiquement. Cet habitat hétérogène et dynamique module les fluxéléments échangés entre les plantes et les organismes, notamment via des processus d´adsorption (ex. interaction avec les particules organiques et minérales) et de transfert (ex. circulation au travers d´un système de pores). Les plantes, les microorganismes et le sol participent ainsi à la construction d´une zone d´interaction, la rhizosphère. La rhizosphère représente une zone clé pour l´activité microbienne et les entrées de carbone organique dans le sol. Les microorganismes de la rhizosphère, comme les bactéries et les champignons, dépendent principalement des apports en carbone par la plante et représentent, vivants ou morts, un réservoir significatif de carbone. Une meilleure compréhension des liens trophiques entre la plante et les microorganismes pourrait permettre in fine d´améliorer la qualité des sols (fertilité, réserve en carbone et structures des sols).

Abstract: My work is dedicated to study the interactions between plants, soil organisms and soil. Plant produce (dying or via rhizodeposition), key elements used by soil organisms (macrofauna, mesofauna and microbial communities) as energy source or for their biomass production. These consumer organisms are also decomposers favoring the decomposition and mobilization of nutrients that are essential for the plant. Plants and organisms are connected via a trophic link, in a complex environment, the soil, which participates in the regulation of exchange fluxes through adsorption (e.g., interaction between organic and mineral particles) and transfer (e.g., circulation through a porous medium) processes. Microorganisms and soil participate in the buildup of an interaction belt, i.e. the rhizosphere. The rhizosphere represent a hotspot for microbial activity and organic carbon inputs. The microorganisms of the rhizosphere, such as bacteria and fungi, rely on plant-derived carbon and represent, alive or dead, a significant sink of carbon. A better understanding of the trophic link between plants and microorganisms could improve the soil quality (fertility, carbon stocks, and soil structure). However, rhizosphere processes remain unclear, mainly due to the methodological constraints to study the complex interaction between plants, soil and microorganisms. Current methods of isotopic labelling, coupled to technics of molecular characterization, microbiology, isotopic and image analyses open new horizons for depicting the element fluxes between plant and soil. Using a multidisciplinary approach, my project aims at studying the mechanisms regulating rhizodeposition processes in soils.

Contact : Alix VIDAL

Vidal 121018


Soutenance de thèse Maxime DAMIEN



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Le jeudi 4 octobre 2018 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 4 octobre 2018 à 13h30, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Favoriser les ennemis naturels de ravageurs par la diversité végétale dans un contexte hivernal

Résumé : L’agriculture intensive et les changements climatiques ont profondément modifié la biodiversité et les systèmes d’interactions trophiques dans les paysages agricoles, entrainant la perte de services écosystémiques tel que le contrôle biologique de ravageurs. La lutte biologique par conservation vise à restaurer la complexité des réseaux trophiques au sein des terres cultivées par l’utilisation de la diversité végétale et la mise en place d’aménagements fonctionnels. Ces travaux de thèse ont cherché à identifier, par des expériences en laboratoire et trois hivers de suivi des populations, comment la diversité végétale et son aménagement pendant la saison hivernale pouvait favoriser les ennemis naturels des pucerons dans les grandes cultures céréalières de l’ouest de la France. Les études en laboratoire ont montré que la diversité floristique cultivée dans les couverts hivernaux devait faire l’objet d’une sélection fonctionnelle. En particulier il est nécessaire de combiner plusieurs espèces, alliant attractivité et profitabilité pour les insectes parasitoïdes de pucerons présents dans la mosaïque agricole durant l’hiver. A l’échelle des parcelles cultivées, il a pu être démontré que l’augmentation des températures hivernales favorisait l’activité et la diversité des insectes parasitoïdes, mais aussi des prédateurs généralistes des communautés d’insectes de la faune du sol. La mise en place d’habitats fonctionnels par la sélection d’une diversité végétale adaptée à ces nouvelles conditions et aux besoins spécifiques de ces agents de bio-contrôle permet alors de promouvoir leur activité. En favorisant ces différentes guildes d’arthropodes pendant cette période de l’année, il pourrait être possible d’augmenter la pression précoce qu’ils exercent sur les populations de pucerons et de limiter le développement de ces dernières au printemps. L’ensemble des résultats obtenus suggère que la saison hivernale représente une période favorable au développement de méthodes durables pour la lutte biologique par conservation dans les régions au climat tempéré.

Jury :

Mr Philippe Jeanneret, Senior scientist, Agrosocope, Agroécologie et environnement, Zurich / Rapporteur
Mr Jérôme Moreau, Maitre de conférence, Université de Bourgogne, CNRS UMR 5561 Biogeoscience, Dijon / Rapporteur
Mme Aude Vialatte, Maitre de conférence, Université de Toulouse, INRA UMR 1201 DYNAFOR, Toulouse /Examinatrice
Mr François Verheggen, Professeur, Université de Liège, Entomologie fonctionnelle et évolutive, Liège / Examinateur
Mme Cécile Le Lann, Maitre de conférence, Université de Rennes 1, CNRS UMR 6553 ECOBIO, Rennes / Co-encadrante de thèse
Mme Joan Van Baaren , Professeur, Université de Rennes 1, CNRS UMR 6553 ECOBIO, Rennes / Directrice de thèse
Mr Nicolas Desneux, Directeur de Recherche, INRA UMR 1355 ISA, Sophia Antipolis / Co-directeur de thèse

Contact : Maxime DAMIEN


Séminaire de Sarah COFFINET (Universität Bremen)



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Le vendredi 21 septembre 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Le vendredi 21 septembre 2018 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Les zones côtières végétalisées sont-elles le puits de carbone le plus efficace de la planète ?

Résumé : La notion de carbone bleu, définie par Nellemann et al. en 2009, correspond à la capacité de fixation du CO2 atmosphérique par les écosystèmes océaniques. Les zones côtières végétalisées ont un rôle essentiel pour ce carbone bleu de par leur forte productivité primaire et leur capacité de stockage. Il est estimé que ces zones accumuleraient autant de carbone organique que les forêts terrestres, bien que leur superficie mondiale représenterait moins de 3% de la couverture forestière mondiale (Duarte et al., 2013); ce qui en ferait un puits de carbone particulièrement efficace. Cependant, ces estimations sont calculées à partir de la densité végétale rapportée au taux de sédimentation ; négligeant le devenir du carbone organique une fois sédimenté. L’étude des sédiments marins a pourtant montré qu’entre son dépôt et son enfouissement à long terme, la matière organique (MO) subit de nombreuses transformations, conduisant à la reminéralisation en CO2 et CH4 d’une part plus ou moins importante de cette MO. Les progrès en biologie moléculaire et géomicrobiologie ont également mis en évidence le rôle prépondérant des communautés microbiennes benthiques dans ces processus de reminéralisation. Une étude récente (Van de Broek et al., 2018), réalisée le long de l’estuaire du Scheldt, a montré que le taux de reminéralisation de la MO autochtone (i.e. produite dans la zone humide) pourrait être élevé et augmenterait avec le degré de salinité du site. Cette étude illustre ainsi l’importance d’une meilleure compréhension de l’activité microbienne dans les sédiments des zones côtières végétalisées afin d’évaluer correctement leur potentiel de puits de carbone. A cette fin, je souhaite combiner microbiologie et géochimie organique en utilisant des méthodes d’incubation innovantes pour contraindre et quantifier l’impact de l’activité microbienne sur les capacités de stockage du CO2 par les zones côtières végétalisées.

Contact : Sarah COFFINET

S COFFINET 210918


On a retracé l'histoire évolutive de l'aubergine !



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Comment l’aubergine est devenue asiatique.

Comment l’aubergine est devenue asiatique. Une histoire de génomes, d’éléphants et d'impalas

Le contexte évolutif de l’aubergine était jusqu’à récemment très peu connu. Les archives et les données génétiques avaient révélé que si la plupart des espèces sauvages apparentées à l’aubergine étaient africaines, c’était en Asie qu’avait eu lieu le processus de domestication. Des chercheurs de l’Université de Rennes 1 et des Muséums d’histoire naturelle de Londres (Natural History Museum) et de Finlande (Université d’Helsinki) viennent d’obtenir la première hypothèse solide concernant l’origine de l’aubergine et des espèces sauvages qui lui sont directement apparentées. Parmi cette équipe internationale, on retrouve Xavier Aubriot. Xavier est botaniste et a effectué une année d'ATER (2017-2018) au sein du laboratoire ECOBIO (équipe EGA 'Evolution Génome Adaptation' de Malika Ainouche) de l'OSUR. Dans le cadre de cet ATER, il a donc travaillé à la publication de résultats inédits sur l'histoire évolutive de l'aubergine (Solanum melongena et des espèces qui lui sont directement apparentées. Ces travaux sont publiés en août 2018 dans la revue American Journal of Botany.

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