Dynamique des éléments transposables et évolution du génome des spartines polyploïdes



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16/12/19 - Soutenance de thèse de Delphine GIRAUD

Le lundi 16 décembre 2019 à 14h00, salle des thèses, bâtiment 1, Campus de Beaulieu, UR1

Dynamique des éléments transposables et évolution du génome des spartines polyploïdes

Les conséquences de la spéciation divergente ou réticulée (par hybridation) ont été explorées au cours de la diversification des spartines depuis 6-10MA à travers l’analyse des séquences répétées, de leur expression et régulation. Nous avons montré une corrélation entre éléments transposables, tailles de génome, et relations phylogénétiques, tout en mettant en évidence une dynamique variable des catégories d’éléments transposables ou de séquences satellites selon les lignées, et l’ancienneté des évènements de spéciation. L’abondance des éléments transposables a été mise en relation avec leur niveau d’expression et le rôle des petits ARNs dans leur contrôle. Cette régulation se met rapidement en place suite à l’hybridation interspécifique et explique la « quiescence génomique » (absence de prolifération d’éléments transposables) détectée chez l’allododécaploïde récent S. anglica. Les annotations d’éléments transposables et de petits ARNs, les nouveaux transcriptomes de références réalisés chez différentes espèces au cours de ce travail représentent des ressources additionnelles qui permettront d’explorer de manière plus exhaustive la dynamique des génomes de spartines et de comprendre les mécanismes génomiques impliqués dans l’adaptation et l’écologie de ces espèces "ingénieurs d’écosystèmes".

We explored the consequences of divergent speciation or reticulate evolution (resulting from hybridization) during diversification of the Spartina genus in the last 6-10 MY, based on the analysis of repeated sequences, their expression and regulation. Transposable element amounts, genome size, and phylogenetic relationships were found correlated, although differential dynamics of specific transposable element families or satellite sequences were encountered according to lineages, and to divergence times following the speciation events. The abundance of transposable elements appears related to their level of expression and the role of small RNAs in their control. This regulation is rapidly established following interspecific hybridization and explains the "genomic quiescence" (absence of transposable element “burst”) detected in the recent allododecaploid S. anglica. Annotations of transposable elements and small RNAs, new reference transcriptomes generated for different species during this work represent additional resources that will allow a more comprehensive exploration of the Spartina genome history and dynamics for a better understanding of the genomic mechanisms involved in the adaptation and ecology of these “ecosystem engineers” species.

Jury :

Rapporteurs:
Emmanuelle LERAT (CR Univ. Lyon)
Christian PARISOD (PR, Univ. Bern, Suisse)

Examinateurs:
Anne-Marie CHÈVRE (DR INRA Le Rheu)
Josep CASACUBERTA (PR Univ. Barcelona, Espagne)

Co-encadrants:
Malika AINOUCHE (PR, Univ. Rennes 1)
Armel SALMON (MCF, Univ. Rennes 1)

Contact : Delphine GIRAUD


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La règle de Carl Bergmann (1847) est-elle applicable aux Ectothermes ? "the bigger the better" vs. "small is beautiful"



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13/12/19 - Séminaire de Philippe VERNON

Le vendredi 13 décembre 2019 à 13h00, salle de réunion de l'UFR SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

La règle de Carl Bergmann (1847) est-elle applicable aux Ectothermes ? "the bigger the better" vs. "small is beautiful"

La réduction de la taille corporelle chez les Ectothermes pourrait constituer une réponse fréquente aux augmentations contemporaines de la température. Cette tendance a été récemment confirmée chez les insectes grâce à des mesures effectuées sur des Coléoptères conservés dans des collections muséologiques d’une part et récemment prélevés d’autre part. Les travaux portant sur la “temperature-size rule” initiée par les recherches de David Atkinson (dans un contexte expérimental) et le renouveau des études consacrées à la “Bergmann’s rule” (formulée à l’origine chez les Endothermes dans un contexte de gradients latitudinaux) mettent aujourd’hui à disposition de nombreux résultats. Ceux-ci portent toujours le plus souvent sur les gradients latitudinaux et il n’en est ainsi pas encore de même pour les évolutions de la taille corporelle des Ectothermes le long de gradients altitudinaux. Cette approche est pourtant prometteuse compte tenu du fait que le suivi de la taille corporelle - chez les Arthropodes par exemple - le long de gradients altitudinaux minimise notamment les possibles effets de la photopériode (présents dans l’étude des gradients latitudinaux) et rend plus lisible les conséquences des variations de température. Etudier les modalités d’évolution de la taille corporelle des Ectothermes en fonction de l’altitude nécessite en premier lieu une évaluation dans ce contexte environnemental des conditions d’application de la « Bergmann’s rule ».

Contact : Philippe VERNON


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Multi scale assessment on soil microbiota quality and dispersion in wheat fields : organic vs. conventional farming



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06/12/19 - Séminaires de Claire RICONO, Lorène MARCHAND et Emma JEAVONS

Le vendredi 6 décembre 2019 à 13h00, salle UFR SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

Multi scale assessment on soil microbiota quality and dispersion in wheat fields : organic vs. conventional farming

Symbiotic microorganisms are key functional group due to their action favoring plant nutrition and protection. Loss of biodiversity can reduce these functions and promote parasitic behavior evolution leading to lower plant’s performance. This work will address the impact of tree hedges in agricultural landscapes, supposing that they constitute a microorganisms biodiversity refuge, and will analyze the consequences of agricultural practices on soil and wheat roots microbial community.

Contact : Claire RICONO

Morphological variability in relation to environmental conditions in the endemic cushion plant Lyallia kerguelensis from Kerguelen Islands

The sub-Antarctic Kerguelen Islands are exposed to extreme environmental conditions (low temperatures, strong winds and frequent frost events). However, rapid climate change is occurring. Lyallia kerguelensis Hook.f. (Montiaceae), an endemic cushion plant from Kerguelen, is particularly infrequent in the archipelago, specialized in certain habitats and thus might be endangered. In addition, many cushions show necrosis. Our objectives were to characterize the morphology of the cushions and to determine the potential effect of environmental variables on it.

Contact : Lorène MARCHAND

When complementary resources fail to increase top down control: an answer in trophic food webs?

Biological control of herbivores by natural enemies is expected to be enhanced through increased plant diversity. Nevertheless, field studies provide contrasting results of habitat management strategies on herbivore control. Here, we tested the effect of intercropped floral resources on cereal aphid control by parasitoids and on an aphid-parasitoidhyperparasitoid trophic food web. While the addition of floral resources did not increase aphid control, it affected the parasitoid guild and favoured hyperparasitoids, thus providing a deeper understanding of bottom up and top down effects in plant-herbivore-natural enemy interaction webs.

Contact : Emma JEAVONS


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An overview of trait-dependent diversification models



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29/11/19 - Séminaire de Sylvain GLEMIN

Le vendredi 29 novembre 2019 à 13h00, salle UFR SVE, bâtiment 13, Campus de Beaulieu, UR1

An overview of trait-dependent diversification models

The balance between speciation and extinction determines species diversity. Mathematically, this is typically modeled by stochastic birth-death processes. Importantly, both speciation and extinction can be affected by many life-history or ecological traits. Hence, the evolution of a trait can affect the diversification process, which connects micro-evolutionary (within species trait evolution) and macro-evolutionary processes (speciation and extinction). This has lead to the so-called SSE models (for State-dependent Speciation Extinction) that includes transitions among traits (or states) and trait-specific rates of speciation and extinction. These models have been implemented in a statistical framework and extensively used to test for the effects of various kinds of traits on diversification. The mathematical analysis of the model can also give insights on some evolutionary patterns. First, I will present the general model and some biological applications. Then I will present some extensions, especially including diversity-dependence, and the formal connection that can be made with population genetics models, such as the Moran or the Wright-Fisher model.

Contact : Sylvain GLEMIN


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Écologie comportementale par le biologging



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22/11/19 - Séminaire d'Alexandre CORBEAU (CEBC, Chizé)

Le vendredi 22 novembre 2019 à 13h00, salle de conférences de l'OSUR, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1

Écologie comportementale par le biologging

Cet exposé expliquera mes motivations et ma trajectoire professionnelle ainsi que mes cadres d’études actuelles et les méthodes employées. Je détaillerai de quelle manière j’essaie de comprendre l’écologie des oiseaux grâce à mes connaissances/expériences de terrain et à mon parcours scientifique et associatif. Je décrirai aussi ma découverte du biologging et les diverses manières dont je l’utilise pour répondre à des questions d’écologie comportementale et plus largement de conservation des espèces.

Contact : Alexandre CORBEAU


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