Séminaire de Boulos CHALHOUB (UR en Génomique Végétale, Evry)



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Le jeudi 20 novembre 2014 à 16h15, amphi C, bâtiment 2, Campus de Beaulieu, UR1

Le jeudi 20 novembre 2014 à 16h15, amphi C, bâtiment 2, Campus de Beaulieu, UR1


Le génome hautement dupliqué du colza (Brassica napus), polyploïde récent : Séquençage, évolution et fonctionnement



Résumé :
Un consortium international, piloté par l’INRA (URGV, Boulos CHALHOUB) a produit la séquence référence du colza ainsi que celle d’une collection de variétés représentant la diversité de cette espèce. C’est la première fois qu’un génome polyploïde récent est séquencé dans son intégralité et comparé à ceux de ses espèces parentales, le chou et la navette. Ceci a été rendu possible par la mise au point d’une stratégie originale de séquençage, le développement d’outils bio-informatiques et d’analyse de l’expression des gènes dupliqués et de leur régulation. Les résultats montrent qu’au-delà de l’hybridation post-néolithique ayant conduit à sa formation, le colza aurait accumulé au cours de son évolution 72 génomes ancestraux, résultat de nombreux cycles de polyploïdisation, faisant de son génome un des plus hautement dupliqués chez les angiospermes. Ce phénomène récurrent, suivi par des restructurations du génome, a conduit à l’accumulation de plus de 101 000 gènes. Étonnamment, la quasi-totalité des gènes dupliqués (homéologues) sont conservés et exprimés dans le colza. Ces résultats suggèrent que ces gènes dupliqués confèrent un réservoir important de diversification, d’adaptation et d’amélioration; la fonction principale étant régie par une copie des gènes dupliqués, la deuxième copie peut se restructurer et muter pour l’émergence de nouvelles fonctions. Le dialogue entre les deux sous-génomes se traduit également par des échanges de gènes et d’ADN entre les deux sous-génomes du colza (échanges homéologues). Pour un gène dupliqué, normalement présent sur les deux sous-génomes, une copie peut être remplacée par la séquence de la deuxième copie du second sous-génome. Le mécanisme d’échange à l’œuvre ainsi que son avantage sélectif restent encore à déterminer, bien qu’il ait déjà été montré que ce phénomène conduit à une diversification.

Contact : Boulos CHALHOUB




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