Axe fédérateur modélisation en écologie

Pourquoi utiliser la modélisation ?

La dynamique de la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes sont des phénomènes complexes. Par la simplification de cette complexité, l’utilisation de la modélisation permet à la fois d’expliquer les mécanismes qui les sous-tendent et de les prédire. Elle permet notamment de dissocier les effets des différents processus dans les propriétés observées et de tester une large gamme de paramètres afin d’identifier les principaux seuils de bascule. Le développement de modèles réalistes permet aussi de prédire des dynamiques futures et/ou l’impact d’un changement, une perturbation par exemple, sur les processus écologiques étudiés. Chacun de ces objectifs – explication ou prédiction des processus– peut nécessiter différents types de modèles et différentes méthodologies pour les construire.

Les principaux objectifs de cet axe

Cet axe fédérateur a pour but de présenter les différentes familles de modèles existantes et de développer des collaborations croisées entre les chercheurs compétents en modélisation présents à ECOBIO et dans d’autres laboratoires rennais et les chercheurs ayant besoin de développer de telles approches théoriques. Il s’agira 1.) d’accompagner la formalisation des questions de recherche en vue du développement d’approches de modélisation ; 2.) de présenter les différentes familles de modèles et 3.) de développer les collaborations entre modélisateurs et écologues expérimentalistes ou de terrain.

 

Les principales familles de modèles abordées

 

Coupler différentes approches de modélisation

Toutes ces méthodes peuvent être par ailleurs couplées, en fonction de la complexité des processus modélisés. Par exemple, des modèles IBM peuvent être couplés à des modèles d’équations différentielles partielles pour simuler la dynamique des assemblages d’espèces en réponse aux conditions environnementales. Des modèles de populations peuvent aussi être basés sur des statistiques fréquentistes ou bayésiennes pour l’estimation des paramètres démographiques et des modèles matriciels de population. En plus de ces différentes méthodes, nous nous attacherons également à développer des techniques transversales telles que des méthodes d’analyses de sensibilité, de validation de modèle ou d’optimisation de paramètres.

 

Liens

Séminaire Introductif

 

Séminaires

2 février 2017 : Les équations différentielles
3 avril 2017 : Les modèles matriciels
6 juin 2017 : Les modèles individus-agents centrés
6 février 2018 : Introduction à l’analyse statistique Bayésienne (Etienne Rivot)

 

Formations

22 mai 2018 : formation programmation sous R - partie 1

Lors de cette demi-journée, les participants ont pu s'initier à la programmation sous R  en suivant les tutoriels fournis et en appliquant les exercices proposés (Programmation sous R et Tutoriel programmation sous R modèlele matriciel). L'accompagnement a été personnalisé pour s'adapter au rythme de chacun

29 mai 2018 : formation programmation sous R - partie 2

Lors de cette demi-journée, les participants ont soit continué leur apprentissage de la programmation (voir partie 1), soit développé des programmes en lien avec leur problématique de recherche. Jean Sébastien Pierre a également présenté les trucs et astuces à savoir lors de la création de package sous R (Les packages sous R - Jean-Sébastien Pierre).