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Mode de fonctionnement


Plateau technique localisé sur le campus de Beaulieu

Ce plateau technique permet de réaliser les différentes étapes pour des activités de biologie moléculaire (pour un travail sur des échantillons non-invasifs - ADN dégradé, ou en quantité infime – voir Plateau de Paimpont)

Contexte et objectifs

Localisé dans les bâtiments de Beaulieu, la mission du plateau est d’aider de façon technique les équipes de recherches dans la réalisation de projets utilisant des approches de Biologie Moléculaire.

Le plateau entretien du matériel technique commun, qui est à la libre disposition du personnel d’ECOBIO après avoir suivi la formation « Présentation de la plateforme technique Ecologie moléculaire» dispensée à tous les nouveaux entrants. Pour des appareils ou postes spécifiques (PCRq, Salle BET, …) une formation plus poussée est nécessaire afin d’être parfaitement autonome en toute sécurité. Un grille tarifaire est appliquée à certains appareils ainsi qu’à du consommable spécifique. En revanche, les consommables classiques sont à la charge des porteurs de projet (tube, cônes, plaque PCR, réactifs, …).

Le plateau technique a également pour mission la formation des utilisateurs (étudiants, chercheurs,…) sur les techniques de biologie moléculaire ainsi qu’aux bonnes pratiques de laboratoire. L’investissement du personnel peut aller jusqu’au co-encadrement d’étudiants. Le personnel technique de la plateforme aide de par ses nombreuses compétences en biologie moléculaire, du montage du projet (choix des techniques, évaluation des coûts,…) à la réalisation de certaines manipulations, en passant par le développement, si nécessaire. Cette aide est disponible à tous sous réserve de remplir le formulaire d’aide technique présent ici : Marie-Claire MARTIN / Dominique VALLET et selon les disponibilités du personnel.

Le personnel du plateau est aussi à l’écoute des utilisateurs et réalise une veille technique sur toute technologie émergente. Dans le cadre de l’évolution des méthodes, certains achats en collaboration avec les équipes de recherche peuvent être envisagés, le personnel est alors disponible à toutes les étapes de la concrétisation (devis, contact commerciaux, étude de marché, réception du matériel, tests préliminaires, …).

 

Plateau technique localisé à la station Biologique de Paimpont Technique de la « marche en avant » pour « ADN dégradé »

Ce plateau technique présente la spécificité de traiter des échantillons non-invasifs (fèces) dont l'ADN est réputé soit dégradé soit en quantité infime.

Il est organisé pour la réalisation d'extractions d'ADN à partir de ces échantillons.

Contexte

De nombreuses études sur la biodiversité ont comme modèles des espèces sensibles ou en danger d’extinction et sont assujetties à des contraintes (voire interdiction) de captures pour prélèvements de tissus en vue d’analyses génétiques. De nouvelles approches ont émergées qui permettent désormais d’extraire l’ADN des individus de ces espèces à partir d’échantillons dit non-invasifs (tels les fèces, poils, plumes). Ces échantillons non-invasifs donnent souvent accès à des collectes élargies à des échelles populationnelles comparativement à des prélèvements de tissus nécessitant des captures individuelles parfois plus consommatrices de temps et de matériel adéquat.

Objectifs

L’ADN extrait d’échantillons non-invasifs est souvent dégradé et l’ADN de l’espèce cible voisine, en petite quantité, avec une plus ou moins grande quantité d’ADN exogène. Les produits d’extraction peuvent par ailleurs contenir des inhibiteurs de PCRs (tanins, polysaccharides issus de l’alimentation par exemple) qu’il convient d’éliminer.

Il faut donc travailler avec une extrême rigueur afin d’éviter toute contamination par de l’ADN amplifié non désiré. Certains projets de recherche portent sur des primates non-humains. Le port du masque, des gants, blouses personnalisées est donc obligatoire pour éviter toute contamination de la salle d’extraction par de l’ADN humain.

Notre plateau technique utilise la « marche en avant » qui comprend des salles d’extraction d’ADN, de PCRs, de gels et de stockage d’échantillons strictement séparées. Le passage en salle de PCR ou des gels interdit un retour dans la salle d’extraction au cours d’une même journée. Des équipements spécifiques respectifs sont également strictement dédiés à ces salles.

Les projets accueillis sur ce plateau technique peuvent être variés et n’utilisent pas obligatoirement des échantillons non-invasifs. Cependant, même ces derniers doivent se conformer au protocole de « marche en avant ».

Conditions d’utilisation

Un ingénieur d’étude (Dominique VALLET) est responsable de ce plateau technique et apporte l’assistance et les informations préliminaires utiles au bon déroulement des expérimentations par les chercheurs (commandes de produits, formation des étudiants, veille technologique…). Il fournit les indications d’utilisation du plateau technique qui suivent des règles strictes contre la contamination d’ADN non cible : protocole de « marche en avant », nettoyage des salles à l’eau de Javel, gestion des déchets, respect des règles d’hygiène et de sécurité etc…..

Les personnes intéressées par l’utilisation du plateau technique doivent prendre contact au préalable avec le responsable technique et remplir un formulaire de demande d’utilisation appelé « Fiche Projet ». Le plateau est réservé en priorité aux personnes d’ECOBIO. Votre demande sera examinée par le responsable technique et éventuellement par le comité de pilotage de la plateforme Ecologie Moléculaire. Des priorités peuvent être fixées en cas de surcharge des capacités d’accueil du plateau technique.

Il est conseillé de prévoir consommables et réactifs nécessaires avant de commencer la période d’expérimentation. Dans un souci de compatibilité des matériels, il est vivement conseillé de soumettre les commandes de consommables à Dominique VALLET AVANT de passer commande.

Le plateau technique dispose d’espaces de stockage froid (-20°C & -80°C) qui peuvent être utilisés après estimation des volumes avec le responsable technique. Les responsables de projets sont responsables de la gestion des échantillons qu’ils déposent dans les espaces de stockage froid.

Les responsables de projets ou encadrants sont responsables des étudiants travaillant sur le plateau technique.