Conférence de Jean-Sébastien PIERRE (ECOBIO)


 Olivier Troccaz    14/10/2011 : 12:45

Le vendredi 14 octobre, à 12h45, salle de conférences du CAREN, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1.

Le vendredi 14 octobre, à 12h45, salle de conférences du CAREN, bâtiment 14b, Campus de Beaulieu, UR1. Un projet : l'Analyse Fonctionnelle Dynamique Résumé : La construction de réseaux dynamiques sous forme de graphes est généralement obtenue sur la base de la connaissances des interactions existant entre les éléments du système que l'on étudie : telle espèce est la proie de telle autre, elle est vraisemblablement en compétition avec telle autre, tel métabolite est précurseur de tel autre et sa catalyse repose sur tel enzyme, etc... Cette approche a évidemment une valeur inestimable. Elle a cependant le défaut de postuler a priori l'importance équivalente de toutes les voies d'interaction. Dans la nature (ou in vitro dans le cas d'un métabolisme) la structuration dynamique du système fait que certaines interactions sont nettement plus fortes que d'autre. Il semble donc intéressant d'extraire ces interactions d'observations temporelles, dynamiques d'espèces dans le cas des communautés, cinétiques de réactions dans le cas du métabolisme. On propose une méthode d'analyse multivariée destinée à mettre en évidence ces interactions. Elle est basée sur la mise en relation du tableau des dynamiques (comptages, concentrations) avec un tableau d'estimation des dérivées logarithmiques temporelles des fonctions lisses sous-jacentes aux mêmes dynamiques. Les dérivées logarithmiques ne sont autres que les taux d'accroissement relatifs de chaque espèce, et le fond de la méthode consiste à régresser ces taux d'accroissements sur les abondances. Ceci relève d'une extension de l'ACP-VI dans le sens de l'analyse fonctionnelle promue par des auteurs comme P. Besse et J.O. Ramsay (analyse de données dans un espace de fonctions). On cherche ensuite une représentation graphique unique du couple espèce/dérivée temporelle en introduisant une relation de proximité des espèces interagissant fortement entre elles quel que soit leur mode d'interaction. Le tracé de flèches codées permettant de reconstituer ce mode. On obtient ainsi automatiquement une image du réseau sous forme de graphe. On donne quelques exemples sur des données aimablement fournies par les collègues (pucerons, carabes, plancton marin, métabolome d'Arabidopsis). Ce travail n'a encore fait l'objet d'aucune tentative de publication. L'avis critique des collègues sur la possibilité et l'opportunité de publier la chose est vivement souhaitée. Contact : Jean-Sébastien PIERRE







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